Bioinformatický nástroj pro odhad abundance bakteriálních funkčních molekul v biologických vzorcích na základě metagenomických dat 16S rRNA
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract
Ľudské telo je prostredím pre život neuveriteľného množstva mikróbov. Niektoré z nich môžu spôsobovať rôzne choroby, ale ďalšie, napríklad črevný mikrobióm, sú pre život a zdravie človeka nepostrádateľné. Nanešťastie, črevný mikrobióm nie je detailne preštudovaný, pretože obsahuje tisíce rôznych druhov baktérií, z ktorých väčšina sa nedá kultivovať v laboratórnych podmienkach. Riešením tohto problému sú nové rýchle metódy sekvenovania v kombináciou s bioinformatickými nástrojmi na výpočet funkčného profilu baktérií vo vzorke. V tejto práci si predstavíme existujúce nástroje predpovedajúce funkčný profil, a následne navrhneme nový nástroj, ktorý môže implementovať konsenzus nad výsledkami existujúcich nástrojov, alebo sa môže jednať o úplne nový nástroj.
Humans are host to an enormous variety of microbes, bacterial, archaeal, fungal, and viral. Some of these can cause serious diseases, but others, particularly gut microbiome, are essential to human life. Unfortunately, gut microbiome is not well documented, since it contains thousands of different kinds of bacteria most of which cannot be cultivated in laboratories, and we do not know all of its functions. The recent solution to this problem seems to be high-throughput sequencing in combination with bioinformatics tools for functional profile prediction. In this thesis, bioinformatics tools for functional profile prediction will be introduces, along with their advantages and disadvantages. The goal of this thesis is to create a new tool for functional profile prediction, which can either employ a consensus of the existing tools, or can be a brand new tool inspired by these.
Humans are host to an enormous variety of microbes, bacterial, archaeal, fungal, and viral. Some of these can cause serious diseases, but others, particularly gut microbiome, are essential to human life. Unfortunately, gut microbiome is not well documented, since it contains thousands of different kinds of bacteria most of which cannot be cultivated in laboratories, and we do not know all of its functions. The recent solution to this problem seems to be high-throughput sequencing in combination with bioinformatics tools for functional profile prediction. In this thesis, bioinformatics tools for functional profile prediction will be introduces, along with their advantages and disadvantages. The goal of this thesis is to create a new tool for functional profile prediction, which can either employ a consensus of the existing tools, or can be a brand new tool inspired by these.
Description
Citation
BIELIKOVÁ, M. Bioinformatický nástroj pro odhad abundance bakteriálních funkčních molekul v biologických vzorcích na základě metagenomických dat 16S rRNA [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2019.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
en
Study field
Bioinformatika a biocomputing
Comittee
prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda)
doc. Ing. Ondřej Ryšavý, Ph.D. (místopředseda)
Ing. Matěj Grégr, Ph.D. (člen)
doc. Mgr. Lukáš Holík, Ph.D. (člen)
Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen)
doc. Ing. Radomil Matoušek, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2019-06-20
Defence
Studentka nejprve prezentovala výsledky, kterých dosáhla v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Studentka následně odpověděla na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studentky na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm A. Otázky u obhajoby: Při generování testovacích metagenomických vzorků používáte organismy se známým i neznámým funkčním profilem. Co kdybyste generovala testovací vzorky tak, že by obsahovaly pouze organismy s neznámým funkčním profilem? Jaký vliv by to mělo na vyhodnocení? U metody založené na fylogenetickém stromu popisujete algoritmus hledání nejbližších organismů. Využíváte v něm délky hran v daném fylogenetickém stromu?
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení