The evaluation of magnetic polymethacrylate-based microspheres used for solid phase DNA micro-extraction
Loading...
Date
2015-04-02
ORCID
Advisor
Referee
Mark
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
MDPI
Altmetrics
Abstract
Using magnetic particles as a solid-phase extraction system is the most frequently used micro-technique for DNA isolation. Particles with a complete covering of magnetic cores by a polymer are hence preferred. Quantitative polymerase chain reaction (qPCR) was used for the evaluation of the polymer coating efficiency of hydrophilic magnetic poly(2-hydroxyethyl methacrylate-co-glycidyl methacrylate) (P(HEMA-co-GMA)) and poly(glycidyl methacrylate) (PGMA) microspheres with/without carboxyl groups. The inhibition effect of magnetic microspheres was identified by the shift in Cq values (Cq) after the addition of different amounts of microspheres to PCR mixtures. With the increase of microsphere concentrations, the shift in Cq values to higher values was usually observed. P(HEMA-co-GMA) microspheres containing carboxyl groups extinguished the fluorescence at concentrations over 2 mg mL1 in a PCR mixture without any influence on the synthesis of PCR products. No PCR products (inhibition of DNA amplification) were detected in the presence of more than 0.8 mg mL1 in the PCR mixture of PGMA microspheres. Atomic force microscopy (AFM) was used for the determination of the surface morphology of the microspheres. The microspheres were spherical, and their surface was non-porous.
Použití magnetických částic, jako extrakčního systému v pevné fázi, je jednou z nejčastěji využívaných mikro-technik pro izolaci DNA. Za tímto účelem jsou vyžadováyny částice s kompletním pokrytím magnetických jader polymerem. Metoda kvantitativní polymerázová řetězová reakce (qPCR) byla použita pro hodnocení účinnosti pokrytí povrchu hydrofilních magnetických poly (2-hydroxyethylmethakrylát-glycidylmethakrylát) (P (HEMA-co-GMA)) a poly (glycidylmethakrylát) (PGMA ) mikročástice s / bez karboxylových skupin polymerem. Inhibice účinku magnetických mikročástic byla sledována na základě posunu hodnot Cq (Cq) po přidání různých množství mikročástic do reakční směsi pro PCR. S nárůstem koncentrací mikročástic docházelo k posunu Cq hodnot (obvykle byly pozorovány vyšší hodnoty). P (HEMA-co-GMA) mikročástice na jejichž povrchu jsou obsaženy karboxylové skupiny způsobovaly zhášení fluorescence při koncentraci vyšší než 2 mg ml-1 a to bez jakéhokoliv vlivu na syntézu PCR produktů v PCR směsi. Žádné PCR produkty (inhibice amplifikace DNA) nebyly naopak detekovány v přítomnosti více než 0,8 mg ml-1 v PCR směsi PGMA mikročástic. Mikroskopie atomárních sil (AFM) byla použita pro stanovení povrchové morfologie mikročástic. Mikročástice byly kulovité a jejich povrch je neporézní.
Použití magnetických částic, jako extrakčního systému v pevné fázi, je jednou z nejčastěji využívaných mikro-technik pro izolaci DNA. Za tímto účelem jsou vyžadováyny částice s kompletním pokrytím magnetických jader polymerem. Metoda kvantitativní polymerázová řetězová reakce (qPCR) byla použita pro hodnocení účinnosti pokrytí povrchu hydrofilních magnetických poly (2-hydroxyethylmethakrylát-glycidylmethakrylát) (P (HEMA-co-GMA)) a poly (glycidylmethakrylát) (PGMA ) mikročástice s / bez karboxylových skupin polymerem. Inhibice účinku magnetických mikročástic byla sledována na základě posunu hodnot Cq (Cq) po přidání různých množství mikročástic do reakční směsi pro PCR. S nárůstem koncentrací mikročástic docházelo k posunu Cq hodnot (obvykle byly pozorovány vyšší hodnoty). P (HEMA-co-GMA) mikročástice na jejichž povrchu jsou obsaženy karboxylové skupiny způsobovaly zhášení fluorescence při koncentraci vyšší než 2 mg ml-1 a to bez jakéhokoliv vlivu na syntézu PCR produktů v PCR směsi. Žádné PCR produkty (inhibice amplifikace DNA) nebyly naopak detekovány v přítomnosti více než 0,8 mg ml-1 v PCR směsi PGMA mikročástic. Mikroskopie atomárních sil (AFM) byla použita pro stanovení povrchové morfologie mikročástic. Mikročástice byly kulovité a jejich povrch je neporézní.
Description
Citation
Document type
Peer-reviewed
Document version
Published version
Date of access to the full text
Language of document
en