Analýza změn genomu C. necator po evoluční adaptaci
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická
Abstract
Tato práce se zabývá analýzou mutačních změn bakteriálních populací Cupriavidus necator H16 po evoluci za různých stresových podmínek. Tato analýza byla provedena zpracováním dat z metody sekvenování genomu „Next Generation Sequencing“, která byla provedena externí společností DNALink. Na základě bioinformatického postupu byl sestaven seznam mutačních změn pro každou adaptovanou populaci. Dále byly stanovené mutační změny asociovány s konkrétními oblastmi referenčního genomu Cupriavidus necator H16 z NCBI a analyzovány dle dostupných informací. Na závěr byl diskutován případný vliv stanovených mutací na produkci zásobních polymerů polyhydroxyalkanoátů.
This bachelor’s thesis deals with analysis of mutations in bacterial populations of Cupriavidus necator H16 evolved in distinct stress conditions. This analysis was performed by processing data from the genome sequencing method „Next Generation Sequencing“, outsourced through the company DNALink. A list of mutations for each adapted population was constructed through bioinformatic methods. These mutations were then associated with specific areas of the reference Cupriavidus necator H16 genome from NCBI and analysed according to available information. Finally, the effect of these mutations on production of storage polymers polyhydroxyalkanoates was discussed.
This bachelor’s thesis deals with analysis of mutations in bacterial populations of Cupriavidus necator H16 evolved in distinct stress conditions. This analysis was performed by processing data from the genome sequencing method „Next Generation Sequencing“, outsourced through the company DNALink. A list of mutations for each adapted population was constructed through bioinformatic methods. These mutations were then associated with specific areas of the reference Cupriavidus necator H16 genome from NCBI and analysed according to available information. Finally, the effect of these mutations on production of storage polymers polyhydroxyalkanoates was discussed.
Description
Keywords
Cupriavidus necator H16, evoluční adaptace, stresové podmínky, polyhydroxyalkanoáty, next generation sequencing, analýza mutací, bioinformatika, Cupriavidus necator H16, evolutionary adaptation, stress conditions, polyhydroxyalkanoates, next generation sequencing, analysis of mutations, bioinformatics
Citation
KROUPA, Š. Analýza změn genomu C. necator po evoluční adaptaci [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2020.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Chemie pro medicínské aplikace
Comittee
prof. Ing. Miloslav Pekař, CSc. (předseda)
prof. RNDr. Ivana Márová, CSc. (místopředseda)
doc. Ing. Petr Dzik, Ph.D. (člen)
doc. Ing. Stanislav Obruča, Ph.D. (člen)
prof. Ing. Michal Veselý, CSc. (člen)
Date of acceptance
2020-08-25
Defence
Obhajoba diplomové práce proběhla podle následujícího schématu: prezentace studenta-vyjádření vedoucí/ho-oponentský posudek-reakce na posudek-diskuse s komisí. Student přednesl výborný výtah výsledků své práce, řádně zodpověděl všechny dotazy oponentské i členů komise, pohotově reagoval na připomínky. V diskusi tak student prokázal výbornou schopnost orientace v teoretických i praktických základech problematiky práce. Komise zhodnotila jeho práci celkově jako výbornou.
Otázky vznesené během diskuse:
Veselý: Kde najdeme přílohy k vaší práci?
Márová: Kde jste vzal sekvence stresovaných bakterií? Máte představu, jak e postupovalo při izolování DNA?
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení