Studium genomu kvasinek rodu Metchnikowia pomocí molekulárních metod
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická
Abstract
Kvasinky rodu Metschnikowia patřící do čeledě Metschnikowiacea jsou kvasinky vyznačující se vegetativním rozmnožováním prostřednictvím multilaterálního pučení. Jsou to kvasinky v přírodě značně rozšířené. Dosud bylo definováno více než 35 druhů vyskytujících se ve volné přírodě. Nejčastěji se vyskytují na květech, ovoci, ale také na hmyzu či kůži člověka. Mají širokou škálu využití díky svým antimykotickým účinkům v polnohospodářství i kosmetickém průmyslu. Tato bakalářská práce se zabývá studiem využití molekulárních metod k charakterizaci vybraných druhů kvasinek rodu Metschnikowia. Je zaměřená na podrobný popis struktury buňky kvasinek, jejich karyotyp a způsob rozmnožování v teoretické části práce, v praktické části pak na optimalizaci a popis molekulárních metod zahrnujících metody pulzní gelové elektroforézy, které se používají k separaci genomu kvasinek a jejich následnému podrobení pozorování změn jednotlivých částí genomu i genomu jako celku. Nejdříve proběhla kultivace kvasinek za speciálních podmínek, které jsou charakteristické pro kvasinky rodu Metschnikowia, dále za pomocí metod vhodných pro izolaci DNA byla izolována DNA kvasinek, která byla dále podrobena zkoumání pomocí molekulární metody PFGE. Postup izolace DNA byl nejdříve optimalizován pro jednotlivé kmeny kvasinek, jelikož bylo potřeba ověřit potřebný poměr low melting agarosy ku izolované DNA a také správnou koncentraci použitých lyzačních enzymů, aby vzniklé gelové bločky byly vhodné pro měření pomocí PFGE analýzy. Pomocí optimalizace metody se podařilo vytvořit ideální bločky vyizolované DNA kvasinek, které byly následně podrobeny PFGE analýze. Bylo provedeno několik měření PFGE v různých časových intervalech, aby bylo možné oddělit chromozomy kvasinek malých i větších velikostí. Pro měření byl použit CHEF standard kvasinky Hansenula wingei a standard kvasinky Schizosaccharomyces pombe. Dle výsledků měření lze určit, že postup izolace DNA kvasinek a následná analýza pomocí pulzní gelové elektroforézy byly úspěšné, jelikož se podařilo určit počet chromozomů všech použitých druhů kvasinek rodu Metschnikowia.
Yeasts of the genus Metschnikowia belonging to the family Metschnikowiacea are yeasts characterized by vegetative propagation through multilateral budding. These are yeasts widely distributed in nature. More than 35 species occurring have been defined in the wild. They most often occur on flowers, fruits, but also on insects or human skin. They have a wide range of uses due to their antifungal effects in agriculture and the cosmetics industry. This bachelor thesis deals with the study of usage of molecular methods to characterize selected species of yeasts of the genus Metschnikowia. It focuses on a detailed description of the yeast cell structure, karyotype and methods of reproduction in the theoretical part of the work. In the practical part on optimization and description of molecular methods including pulse gel electrophoresis methods used to separate the yeast genome and their subsequent observation of changes in individual parts of genome. First, the yeast was cultured under special conditions that are characteristic of Metschnikowia yeasts, then yeast DNA was isolated using methods suitable for DNA isolation, which was further examined by the PFGE molecular method. The DNA isolation procedure was first optimized for individual yeast strains, as it was necessary to verify the required ratio of low melting agarose to isolated DNA. That was because of it was important for the resulting gel blocks to be suitable for measurement by PFGE analysis. By optimizing the method was possible to create ideal blocks of isolated yeast DNA, which were subsequently subjected to PFGE analysis. Several measurements of PFGE analysis were performed at different time intervals in order to separate small and large yeast chromosomes. The CHEF standard of the yeast Hansenula wingei and the standard of the yeast Schizosaccharomyces pombe were used for the measurements. According to the measurement results, it can be determined that the yeast DNA isolation procedure and subsequent analysis by pulsed gel electrophoresis were successful, as the number of chromosomes of all used yeast species of the genus Metschnikowia was determined.
Yeasts of the genus Metschnikowia belonging to the family Metschnikowiacea are yeasts characterized by vegetative propagation through multilateral budding. These are yeasts widely distributed in nature. More than 35 species occurring have been defined in the wild. They most often occur on flowers, fruits, but also on insects or human skin. They have a wide range of uses due to their antifungal effects in agriculture and the cosmetics industry. This bachelor thesis deals with the study of usage of molecular methods to characterize selected species of yeasts of the genus Metschnikowia. It focuses on a detailed description of the yeast cell structure, karyotype and methods of reproduction in the theoretical part of the work. In the practical part on optimization and description of molecular methods including pulse gel electrophoresis methods used to separate the yeast genome and their subsequent observation of changes in individual parts of genome. First, the yeast was cultured under special conditions that are characteristic of Metschnikowia yeasts, then yeast DNA was isolated using methods suitable for DNA isolation, which was further examined by the PFGE molecular method. The DNA isolation procedure was first optimized for individual yeast strains, as it was necessary to verify the required ratio of low melting agarose to isolated DNA. That was because of it was important for the resulting gel blocks to be suitable for measurement by PFGE analysis. By optimizing the method was possible to create ideal blocks of isolated yeast DNA, which were subsequently subjected to PFGE analysis. Several measurements of PFGE analysis were performed at different time intervals in order to separate small and large yeast chromosomes. The CHEF standard of the yeast Hansenula wingei and the standard of the yeast Schizosaccharomyces pombe were used for the measurements. According to the measurement results, it can be determined that the yeast DNA isolation procedure and subsequent analysis by pulsed gel electrophoresis were successful, as the number of chromosomes of all used yeast species of the genus Metschnikowia was determined.
Description
Citation
SCHNEIDERWINDOVÁ, N. Studium genomu kvasinek rodu Metchnikowia pomocí molekulárních metod [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2020.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Chemie pro medicínské aplikace
Comittee
prof. Ing. Miloslav Pekař, CSc. (předseda)
prof. RNDr. Ivana Márová, CSc. (místopředseda)
doc. Ing. Petr Dzik, Ph.D. (člen)
doc. Ing. Stanislav Obruča, Ph.D. (člen)
prof. Ing. Michal Veselý, CSc. (člen)
Date of acceptance
2020-08-26
Defence
Obhajoba proběhla podle následujícího schématu: prezentace studentky-vyjádření vedoucí/ho-oponentský posudek-reakce na posudek-diskuse s komisí. Studentka přednesla výborný výtah výsledků své diplomové práce, řádně zodpověděla všechny dotazy oponentské i členů komise, pohotově reagovala na připomínky. V diskusi tak studentka prokázala výbornou schopnost orientace v teoretických i praktických základech problematiky diplomové práce. Komise zhodnotila její diplomovou práci celkově jako výbornou.
Otázky vznesené během diskuse:
Márová: Jaký byl rozdíl mezi standardem v liniích 10 a11 na slidu 6?
Setkala jste se někdy s tím, že by kvasinky téhož rodu měly různý počet chromozómů?
Co říkají literární zdroje o počtu chromozómů u rodu Metschnikowia?
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení