Analýza transportu a dokování malých molekul uvnitř proteinových tunelů
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
C
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract
Táto práca sa zaoberá hromadnou analýzou transportu a dokovania malých molekúl, nazývaných ligandy, vnútri proteínových tunelov. Interakcie medzi proteínom a ligandom zahŕňajú procesy ako medzibunková signalizácia, transport, metabolizmus, regulácia, génová expresia a enzýmová aktivita. Porozumenie vzájomného pôsobenia medzi týmito molekulami je dôležitou súčasťou pri hľadaní nových liečiv. Procedúra proteín-ligand dokovania zahŕňa nasledujúce kroky: (i) nájdenie štruktúry proteínu (receptoru) a ligandu, (ii) identi-fikácia väzobných miest ligandu, (iii) zváženie flexibility ligandu a proteínu, a (iv) vypočet energie interakcie. V snahe zefektívniť danú procedúru pre veľké sety ligandov, bola v nástroji CaverWeb pridaná funkcionalita, ktorá umožní hromadnú analýzu dokovania ligandov do vybraného proteínu s kompletnou sadou liečiv, ktoré budú predspracované, čo umožní efektívnejší a plynulejší pracovný tok.
This thesis discusses large-scale analysis of the ligand transport and docking inside of the protein tunnels. Protein-ligand interactions are involved in processes such as cell signalling, transport, metabolism, regulation, gene expression, and enzyme activity. To understand the interaction between these molecules is vitally important for the research for new pharmaceuticals. The procedure of protein-ligand docking involves the following steps: (i) finding the structures of proteins (receptors) and ligands, (ii) identifying ligand binding sites, (iii) considering receptor/ligand flexibility, and (iv) computing interaction energy between the receptor and the ligand. Additional functionality will be implemented to allow CaverWeb to test a complete set of pre-processed drug ligands on a protein, in an effort to enhance the efficiency of the procedure for large sets of ligands, which will allow a much smoother workflow.
This thesis discusses large-scale analysis of the ligand transport and docking inside of the protein tunnels. Protein-ligand interactions are involved in processes such as cell signalling, transport, metabolism, regulation, gene expression, and enzyme activity. To understand the interaction between these molecules is vitally important for the research for new pharmaceuticals. The procedure of protein-ligand docking involves the following steps: (i) finding the structures of proteins (receptors) and ligands, (ii) identifying ligand binding sites, (iii) considering receptor/ligand flexibility, and (iv) computing interaction energy between the receptor and the ligand. Additional functionality will be implemented to allow CaverWeb to test a complete set of pre-processed drug ligands on a protein, in an effort to enhance the efficiency of the procedure for large sets of ligands, which will allow a much smoother workflow.
Description
Citation
JEŽÍK, A. Analýza transportu a dokování malých molekul uvnitř proteinových tunelů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2021.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
sk
Study field
Informační technologie
Comittee
prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda)
doc. Ing. Jiří Jaroš, Ph.D. (místopředseda)
doc. Mgr. Lukáš Holík, Ph.D. (člen)
Ing. Michal Hradiš, Ph.D. (člen)
Ing. Zbyněk Křivka, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2021-06-17
Defence
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm C. Otázky u obhajoby: Bylo provedeno testování nástroje i na proteinech jiných než z rodiny Haloalkane Dehalogenases? Pokud ano, ověřoval jste funkčnost nástroje např. na proteinech, na kterých by uvedená FDA léčiva měla účinkovat? Narazil jste na situaci, kdy lék měl být účinný ale reálně nebyl?
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení