Analýza lokálních struktur v molekulách DNA
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická
Abstract
Lokální struktury DNA jsou alternativními konformacemi, které dokáže DNA zaujímat oproti nejběžnější konformaci B-DNA. Tyto struktury hrají často zásadní roli v regulaci základních biologických procesů, jako je replikace DNA, transkripce či vazba specifických ligandů. Díky tomuto biologickému významu jsou alternativní sekundární struktury DNA potenciálním cílem řady léčiv. V této diplomové práci jsou pomocí bioinformatických nástrojů analyzovány lokální struktury v genomech virů z čeledí Flaviviridae a Retroviridae a následně jsou tyto struktury zobrazeny pomocí atomové silové mikroskopie.
Local DNA structures are alternative DNA conformations which can be formed aside from typical B-DNA conformation. These structures often play pivotal roles in regulation of basic biological processes, such as DNA replication, transcription or binding of specific ligands. This biological significance makes alternative DNA secondary structures a potential drug target. In this diploma thesis, local structures in genomes of viruses from Flaviviridae and Retroviridae families are analysed using bioinformatics tools. Furthermore, these structures are visualised using atomic force microscopy.
Local DNA structures are alternative DNA conformations which can be formed aside from typical B-DNA conformation. These structures often play pivotal roles in regulation of basic biological processes, such as DNA replication, transcription or binding of specific ligands. This biological significance makes alternative DNA secondary structures a potential drug target. In this diploma thesis, local structures in genomes of viruses from Flaviviridae and Retroviridae families are analysed using bioinformatics tools. Furthermore, these structures are visualised using atomic force microscopy.
Description
Citation
NYCZOVÁ, A. Analýza lokálních struktur v molekulách DNA [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2021.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Potravinářská chemie a biotechnologie
Comittee
prof. RNDr. Ivana Márová, CSc. (předseda)
doc. Ing. Pavel Diviš, Ph.D. (místopředseda)
doc. Ing. Stanislav Obruča, Ph.D. (člen)
prof. Ing. Stanislav Kráčmar, DrSc. (člen)
doc. Ing. Eva Vítová, Ph.D. (člen)
doc. Mgr. Václav Brázda, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2021-06-22
Defence
1. Diplomantka seznámila členy komise s náplní a cílem své diplomové práce.
2. Byly přečteny posudky na diplomovou práci.
3. Diplomantka akceptovala všechny připomínky oponenta a na všechny jeho otázky odpověděla v plné šíři.
Diskuse:
prof. Márová: Můžete vysvětlit, co znamená pojem centrální šimpanz a pěnivý virus?
prof. Kráčmar: Myslíte si, že je z hlediska statistiky správné v tabulkách uvádět nulové hodnoty? Pozor na uvádění hodnot na stejný počet desetinných míst.
Studentka zodpověděla všechny dotazy členů komise, které byly v průběhu diskuze vzneseny. Po diskuzi následovalo hodnocení závěrečné práce. Studentka prokázala výbornou orientaci v dané problematice i schopnost samostatné prezentace získaných výsledků.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení