Navržení genové regulační sítě na základě vzájemné informace u nemodelových organismů
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
C
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Práce se zabývá shrnutím základních laboratorních metod pro stanovování genové exprese, postupy předzpracování dat a nástroji používanými k odvozování genových regulačních sítí. Dále se práce zabývá samotným předzpracováním dat, tedy vytvořením matice počtů a její normalizace s využitím dat nemodelového organismu Clostridium beijerinckii NRRL B-598. Hlavní částí práce je poté navržení algoritmu pro tvorbu genové regulační sítě s využitím vzájemné informace a jeho implementace v jazyku R, včetně testování na datech nemodelového organismu i zlatého standardu.
The thesis is focused on summary of laboratory methods for determining gene expression, data preprocessing procedures and possible tools used to infere gene regulatory networks. Furthermore, the thesis handles with the pre-processing of data. It means create count table and normalize it. It was use data from the non-model organism Clostridium beijerinckii NRRL B-598. The main parts of the thesis are designed an algorithm for the creation of a gene regulatory network using mutual information and its implementation in the R language. This include testing the algorithm on data from the non-model organism and the gold standard.
The thesis is focused on summary of laboratory methods for determining gene expression, data preprocessing procedures and possible tools used to infere gene regulatory networks. Furthermore, the thesis handles with the pre-processing of data. It means create count table and normalize it. It was use data from the non-model organism Clostridium beijerinckii NRRL B-598. The main parts of the thesis are designed an algorithm for the creation of a gene regulatory network using mutual information and its implementation in the R language. This include testing the algorithm on data from the non-model organism and the gold standard.
Description
Citation
PIRKL, P. Navržení genové regulační sítě na základě vzájemné informace u nemodelových organismů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2022.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
bez specializace
Comittee
prof. Pharm.Dr. Petr Babula, Ph.D. (předseda)
Ing. Marina Ronzhina, Ph.D. (místopředseda)
Ing. Roman Jakubíček, Ph.D. (člen)
Ing. Jan Červený, Ph.D. (člen)
Mgr. Ing. Karel Sedlář, Ph.D. (člen)
Mgr. Bc. Darina Čejková, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2022-06-08
Defence
Student prezentoval výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Ing. Sedlář položil otázku, co znamená slovní spojení počet boostrapů? Ing. Jakubíček položil otázku, co je hustota gaussovského jádra? Co jste zjistil z grafu uvádějícího časovou náročnost? Byla hodnota F-skóre konstantní pro různý počet replikátů? Jak poznáte významnou změnu exprese? Co znamenají nulové hodnoty v uvedené tabulce? Mgr. Čejková položila otázku, jak velké je zpoždění u replikace genu u Clostridia? Prof. Babula položil otázku, proč byly vybrané uvedené časové intervaly?
Student obhájil diplomovou práci s výhradami a odpověděl na otázky členů komise a oponenta.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení