Automatická úprava obrazů z 1D gelové elektroforézy
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
V této bakalářské práci jsou vysvětleny základní principy elektroforézy a jejích modalit se zaměřením na 1D gelovou elektroforézu. Popisuje analýzu elektroforeogramu a příčiny jeho zkreslení, a uvádí specifikace aplikací metody v mikrobiologii, genomice a proteomice. Praktická část prezentuje vývoj, optimalizaci a výstupy programu pro automatickou analýzu elektroforeogramů, vytvořeného v prostředí Matlab. Analýza zahrnuje detekci linií a proužků v obrazu a výpočet molekulárních hmotností vzorků. Závěr práce tvoří hodnocení účinnosti detekce a přesnosti výpočtu hmotností.
In this bachelor’s thesis are explained the basic principles of electrophoresis and its modalities with focusing on 1D gel electrophoresis. It describes analysis of an electrophoreogram and causes of its possible distortion, and states specifications of applications of the method in microbiology, genomics and proteomics. The practical part presents development, optimization and outputs of a programme for automatic electrophoreogram analysis, which was created in Matlab environment. The analysis contains lane and band detection and computation of samples’ molecular weight. The ending of the thesis is constituted by evaluating efficiency of detection and accuracy of weight computation.
In this bachelor’s thesis are explained the basic principles of electrophoresis and its modalities with focusing on 1D gel electrophoresis. It describes analysis of an electrophoreogram and causes of its possible distortion, and states specifications of applications of the method in microbiology, genomics and proteomics. The practical part presents development, optimization and outputs of a programme for automatic electrophoreogram analysis, which was created in Matlab environment. The analysis contains lane and band detection and computation of samples’ molecular weight. The ending of the thesis is constituted by evaluating efficiency of detection and accuracy of weight computation.
Description
Keywords
Gelová elektroforéza, PAGE, elektroforeogram, elektroforetogram, obraz gelu, zkreslení obrazu, automatická detekce, molekulární hmotnost, ladder, Matlab, Gel electrophoresis, PAGE, electrophoreogram, electrophoretogram, gel image, image distortion, automatic detection, molecular weight, ladder, Matlab
Citation
KOVÁŘ, M. Automatická úprava obrazů z 1D gelové elektroforézy [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2013.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Biomedicínská technika a bioinformatika
Comittee
doc. Ing. Jiří Rozman, CSc. (předseda)
Ing. Martin Vítek, Ph.D. (místopředseda)
doc. Ing. Daniel Schwarz, Ph.D. (člen)
Mgr. Martina Raudenská, Ph.D. (člen)
prof. MUDr. Aleš Hep, CSc. (člen)
Date of acceptance
2013-06-20
Defence
Student prezentoval výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky.
Mgr. Martina Raudenská, Ph.D. položila otázky: Kde jste čerpal elektroforeogramy? Jakým způsobem byly vytvořeny?
Ing. Martin Vítek, Ph.D. položil otázku: Odpovídalo proložení bodů křivky v prezentaci nějakému charakteru?
Student obhájil bakalářskou práci a odpověděl na otázky členů komise a oponenta.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení