Grafická reprezentace genomických a proteomických sekvencí
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
D
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Úprava sekvencí DNA a jejich vhodné zobrazení je důležitou součástí analýzy, porovnání a dalšího zpracování. Úkolem této práce je seznámení s vlastnostmi genomických a proteomických sekvencí a nalezení metod pro jejich zobrazení. Z důvodu velkého množství postupů a jejich dělení, je v této práci uvedeno pouze několik zástupců. Všechny metody popsané v textu jsou dle zadání naprogramovány v prostředí Matlab. Pomocí krátkých sekvencí DNA několika živočichů jsou vyzkoušeny a porovnány s originálním výzkumem. Některé metody obsahují, vedle grafického zobrazení, i příklad dalšího zpracování, převážně podobnostní analýza. Závěrem práce je porovnání výsledků analýzy a vybrat nejvhodnější metodu.
Modification of DNA sequences and their suitable representation is important part of analysis, comparison and another processing. Goal of this paper is finding of suitable methods for representation of genomic and proteomic sequences. Because there is great number of metods, this paper will introduce only some of them. All selected methods, are described in the first part of this paper and they were programed in Matlab. Selected methods are illustrated on coding sequences of the first exon of the b-globin gene of 11 different species. Results are compared withresults from the original papers. Some methods are capable of another processing like cluster analysis. Output of this paper is comparison of results, gained from different methods, and finding the most suitable one.
Modification of DNA sequences and their suitable representation is important part of analysis, comparison and another processing. Goal of this paper is finding of suitable methods for representation of genomic and proteomic sequences. Because there is great number of metods, this paper will introduce only some of them. All selected methods, are described in the first part of this paper and they were programed in Matlab. Selected methods are illustrated on coding sequences of the first exon of the b-globin gene of 11 different species. Results are compared withresults from the original papers. Some methods are capable of another processing like cluster analysis. Output of this paper is comparison of results, gained from different methods, and finding the most suitable one.
Description
Citation
PRAŽÁK, O. Grafická reprezentace genomických a proteomických sekvencí [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2011.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Biomedicínské a ekologické inženýrství
Comittee
prof. Ing. Jiří Jan, CSc. (předseda)
prof. Ing. Ivo Provazník, Ph.D. (místopředseda)
prof. MUDr.Ing. Petr Hluštík, Ph.D. (člen)
Dr. Ing. Vlastimil Vondra (člen)
Ing. Zenon Starčuk, CSc. (člen)
MUDr. Lenka Forýtková, CSc. (člen)
Date of acceptance
2011-06-08
Defence
Na otázku oponenta diplomové práce doc. Kolářové (Je možné degradaci kvantifikovat?) student dostatečně odpověděl. V následující diskuzi byly studentovi kladeny otázky ohledně použitých metod, které student uspokojivě odpověděl.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení