Vyhledávání homologních genů
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
C
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Tato diplomová práce se zabývá problematikou homologních genů a popisem molekulárně biologických databází, které slouží k jejich vyhledávání a vzájemnému porovnávání. Mezi nejdůležitější instituce, které se zabývají správou dat a jejich analýzou, patří EBI, NCBI a CIB. Pro vyhledávání homologních genů je nejzásadnější NCBI – Národní centrum pro biotechnologické informace. Bližší pozornost je věnována vyhledávacím algoritmům homologních genů jako jsou například blastn a PatternHunter. Praktická část této diplomové práce je pak realizace algoritmu srovnávajícího dvě sekvence a nacházejícího homologní geny, a to jak na základě sekvence nukleotidů, tak aminokyselin. Výsledky z vytvořeného programu budou dále konfrontovány s výsledky z komerčně dostupných programů.
This diploma thesis deals with the description of homologous genes and molecular biological databases that are used for their search and allow comparison. Among the most important institutions that deal with data management and analysis, include the EBI, NCBI and CIB. For searching homologous genes is the most fundamental NCBI - National Center for Biotechnology Information. More attention is paid to the search algorithms of homologous genes such as BLASTN and PatternHunter. The practical part of this thesis is the implementation of the algorithm comparing two sequences and locating homologous genes. The comparison is made on the basis of the nucleotide sequence and amino acid sequence. The results generated from the program will be further compared with results from commercially available programs.
This diploma thesis deals with the description of homologous genes and molecular biological databases that are used for their search and allow comparison. Among the most important institutions that deal with data management and analysis, include the EBI, NCBI and CIB. For searching homologous genes is the most fundamental NCBI - National Center for Biotechnology Information. More attention is paid to the search algorithms of homologous genes such as BLASTN and PatternHunter. The practical part of this thesis is the implementation of the algorithm comparing two sequences and locating homologous genes. The comparison is made on the basis of the nucleotide sequence and amino acid sequence. The results generated from the program will be further compared with results from commercially available programs.
Description
Citation
LÝČKOVÁ, V. Vyhledávání homologních genů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2014.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Biomedicínské a ekologické inženýrství
Comittee
prof. Ing. Jiří Jan, CSc. (předseda)
Ing. Radovan Jiřík, Ph.D. (místopředseda)
Ing. Miroslav Dvořák, CSc. (člen)
MUDr. Eva Závodná, Ph.D. (člen)
prof.Ing. Marek Penhaker, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2014-06-10
Defence
Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky.
Ing. Jiřík položil otázku: Popis bloku v algoritmu Reverzní průchod maticí.
MUDr. Závodná položila otázku: Bylo testováno pouze na genech prokaryotických buněk?
Ing. Penhaker položil otázku: Popis bodového diagramu na výstupu programu.
Studentka obhájila bakalářskou práci s výhradami a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení