Využití numerických reprezentací ve zpracování nukleotidových sekvencí

Loading...
Thumbnail Image
Date
ORCID
Mark
C
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Převod sekvencí DNA na vhodnou reprezentaci je důležitou úkolem před samotným započetím analýzy a dalšího zpracování. Hlavním úkolem této práce bylo se seznámit s typy numerických a grafických reprezentací a jejich využitím pro analýzu DNA. Vzhledem k velkému množství metod a postupů, byly do této práce vybrány pouze některé. Některé metody nelze přímo klasifikovat jako numerické nebo grafické, protože obsahují možnost obojí reprezentace. Tyto metody byly zařazeny mezi grafické reprezentace. Pro vybrané metody byly vytvořeny fylogenetické stromy pro porovnání přesnosti. Závěrem práce je zhodnocení získaných výsledků.
Conversion of DNA sequences for appropriate representation is important task before initiation of analyzes and further processing. The main goal of this work was to get familiar with types of numerical and graphical representations and their application for DNA analyzes. In consideration of great volume of methods and procedures, only a few were chosen for this work. Some methods can not be classified only as numerical or graphical representations, because of option allowing them to be converted into both of these representations. These methods were classified as graphical representations. Phylogenetic trees were programmed for chosen methods to compare its precision. Outcome of this work is summing up the results.
Description
Citation
KOŠÍČEK, A. Využití numerických reprezentací ve zpracování nukleotidových sekvencí [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2014.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Biomedicínská technika a bioinformatika
Comittee
doc. Ing. Radim Kolář, Ph.D. (předseda) doc. Ing. Aleš Drastich, CSc. (místopředseda) Ing. Milan Blaha, Ph.D. (člen) MUDr. Zuzana Nováková, Ph.D. (člen) MUDr. Šárka Sekorová (člen) Ing. Denisa Maděránková, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2014-06-18
Defence
Student prezentoval výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Ing. Maděránková: V čem spočívá výhodnost zmíněného nastavení parametrů? Proč je referenční strom z části sekvencí odlišný od stromu z celé délky sekvencí? Je referenční dendrogram skutečně ten správný? Student obhájil bakalářskou práci s výhradami a odpověděl na otázky členů komise a oponenta.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení
DOI
Collections
Citace PRO