Vliv redukce nukleotidových denzitních vektorů na molekulární identifikaci organismů
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Tato práce se zabývá vlivem redukce nukleotidových denzitních vektorů na molekulární identifikaci organismů. Na začátku teoretické části je popsán pojem druh, jeho vývoj a s ním související mutace. V další časti je uvedena taxonomie, především ta molekulární, a DNA barcoding spolu s popisem mitochondriální DNA a jeho využitím k identifikaci druhů. Na konci teoretické části se nachází informace o nukleotidových denzitních vektorech, na které navazuje praktická část. V ní je pomocí Matlabu provedena analýza ošetření okrajů denzitních vektorů na 188 sekvencích. S nejlepší hodnotou je následně provedena identifikační analýza organismů a její vyhodnocení při použití denzitních vektorů pro jednotlivé nukleotidy a jejich sumy. To pro 4 soubory referenčních a 5 souborů analyzovaných sekvencí stejných druhů.
This work deals with the effect of nucleotide density vector's reduction on molecular identification of organisms. At the beginning of the theoretical part, the work explains the concept of species, its development and its mutations. The next section provides basics of taxonomy, particularly the molecular taxonomy and DNA barcoding, with a description of mitochondrial DNA and its usability in the identification of species. The end of the theoretical part provides information about the nucleotide density vectors which the practical part is focused on. Analysis of auxiliary values on nucleotide density vectors was accomplished in Matlab by evaluating 188 real DNA barcode sequences. The identification analysis of organism was performed with the best auxiliary value for 4 datasets of the reference barcode sequences and 5 datasets of analyzed sequences of same organisms. Afterwards, the evaluation of the analysis was done by using separate nucleotide density vectors of individual nucleotides and their amounts.
This work deals with the effect of nucleotide density vector's reduction on molecular identification of organisms. At the beginning of the theoretical part, the work explains the concept of species, its development and its mutations. The next section provides basics of taxonomy, particularly the molecular taxonomy and DNA barcoding, with a description of mitochondrial DNA and its usability in the identification of species. The end of the theoretical part provides information about the nucleotide density vectors which the practical part is focused on. Analysis of auxiliary values on nucleotide density vectors was accomplished in Matlab by evaluating 188 real DNA barcode sequences. The identification analysis of organism was performed with the best auxiliary value for 4 datasets of the reference barcode sequences and 5 datasets of analyzed sequences of same organisms. Afterwards, the evaluation of the analysis was done by using separate nucleotide density vectors of individual nucleotides and their amounts.
Description
Citation
KOSKOVÁ, M. Vliv redukce nukleotidových denzitních vektorů na molekulární identifikaci organismů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2014.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Biomedicínská technika a bioinformatika
Comittee
doc. Ing. Radim Kolář, Ph.D. (předseda)
doc. Ing. Aleš Drastich, CSc. (místopředseda)
Ing. Denisa Maděránková, Ph.D. (člen)
MUDr. Michal Jurajda, Ph.D. (člen)
MUDr. Šárka Sekorová (člen)
Date of acceptance
2014-06-19
Defence
Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky.
doc. Kolář: Jak přesně probíhalo průměrování signálu v okně? Jaký byl použit filtr, jaká je jeho impulsní charakteristika? Proč se u některých případů projevuje závislost účinnosti na délce okna a na jiných ne?
Ing. Maděránková: S jakými sekvencemi se pracovalo? Jaký je důvod použití právě mitochondriální DNA?
Student obhájil bakalářskou práci a odpověděl na otázky členů komise a oponenta.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení