Fourierova transformace a spektrogramy v analýze DNA sekvencí
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
V této diplomové práci jsou v teoretické části popsány metody úprav DNA sekvencí pro frekvenční analýzu a základní vlastnosti DNA. Využitím krátkodobé Fourierovy transformace jsou vytvořeny barevné spektrogramy, pomocí kterých můžeme rozpoznávat některé charakteristické vzory v DNA. V praktické části práce je popsán program sloužící k vytvoření spektrogramů a k následné analýze. Dále je vytvořena analýza vybraných úseků genomu C. elegans. Nalezené vzory jsou porovnány s daty z databáze NCBI. Je zde poukázáno na vztah vytvořených spektrogramů a oblastí kódujících proteiny. Jsou zde uvedeny spektrogramy dobře rozeznatelných vzorů tvořených tandemovými repeticemi složenými ze satelitů, mikrosatelitů a minisatelitů.
Various methods of DNA sequences modifications for frequency analysis and basic characteristics of DNA are described in the theoretical part of this thesis. Tricolor spectrograms, created by short time Fourier transform help us to recognize some characteristic patterns in DNA sequences. Practical part of this work deals with developed programme which generates spectrograms and analyse them. Last part deals with the analysis of selected sequences of C. elegans genome. Some patterns are related to data of public databases such as NCBI. Various patterns are explained from the biological nature, which relates to chromosome structure and protein coding regions. Another well recognised patterns, tandem repetitions composed of satellites, microsatellites and minisatelites are described by spectrograms as well.
Various methods of DNA sequences modifications for frequency analysis and basic characteristics of DNA are described in the theoretical part of this thesis. Tricolor spectrograms, created by short time Fourier transform help us to recognize some characteristic patterns in DNA sequences. Practical part of this work deals with developed programme which generates spectrograms and analyse them. Last part deals with the analysis of selected sequences of C. elegans genome. Some patterns are related to data of public databases such as NCBI. Various patterns are explained from the biological nature, which relates to chromosome structure and protein coding regions. Another well recognised patterns, tandem repetitions composed of satellites, microsatellites and minisatelites are described by spectrograms as well.
Description
Citation
KREJČÍ, M. Fourierova transformace a spektrogramy v analýze DNA sekvencí [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2011.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Biomedicínské a ekologické inženýrství
Comittee
prof. Ing. Jiří Jan, CSc. (předseda)
prof. Ing. Ivo Provazník, Ph.D. (místopředseda)
prof. MUDr.Ing. Petr Hluštík, Ph.D. (člen)
Dr. Ing. Vlastimil Vondra (člen)
Ing. Zenon Starčuk, CSc. (člen)
MUDr. Lenka Forýtková, CSc. (člen)
Date of acceptance
2011-06-08
Defence
Na otázku oponenta diplomové práce prof. Provazníka (automatická analýza dat) student přehledně odpověděl a navrhnul možný postup. Ing. Starčuk požádal o objasnění použitého kódování, které student vysvětlil. Celkově student odpovídal velice uspokojivě.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení