Shlukování biologických sekvencí
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
C
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract
Jedním z hlavních důvodů, proč se proteinové sekvence shlukují, je predikce jejich struktury, funkce a evoluce. Mnoho současných nástrojů má nevýhodu ve velké výpočetní náročnosti, protože zarovnává každou sekvenci s každou. Pokud některý nástroj pracuje výrazně rychleji, nedosahuje oproti ostatním takové přesnosti. Další z nevýhod je zpracování na vyšších mírách podobnosti, ale homologní proteiny si mohou být podobné i méně. Proces shlukování také bývá ukončen při dosažení určité podmínky, která však nezohledňuje dostatečnou kvalitu shluků. Diplomová práce se zabývá návrhem a implementací nového nástroje pro shlukování proteinových sekvencí. Nový nástroj by měl být výpočetně nenáročný, se zachováním požadované přesnosti, a produkovat kvalitnější shluky. Práce dále popisuje testování navrženého nástroje, zhodnocení dosažených výsledků a možnosti dalšího rozvoje.
One of the main reasons for protein clustering is prediction of structure, function and evolution. Many of current tools have disadvantage of high computational complexity due to all-to-all sequence alignment. If any tool works faster, it does not reach accuracy as other tools. Further disadvantage is processing on higher rate of similarity but homologous proteins can be similar with less identity. The process of clustering often ends when reach the condition which does not reflect sufficient quality of clusters. Master's thesis describes the design and implementation of new tool for clustering of protein sequences. New tool should not be computationally demanding but it should preserve required accuracy and produce better clusters. The thesis also describes testing of designed tool, evaluation of results and possibilities of its further development.
One of the main reasons for protein clustering is prediction of structure, function and evolution. Many of current tools have disadvantage of high computational complexity due to all-to-all sequence alignment. If any tool works faster, it does not reach accuracy as other tools. Further disadvantage is processing on higher rate of similarity but homologous proteins can be similar with less identity. The process of clustering often ends when reach the condition which does not reflect sufficient quality of clusters. Master's thesis describes the design and implementation of new tool for clustering of protein sequences. New tool should not be computationally demanding but it should preserve required accuracy and produce better clusters. The thesis also describes testing of designed tool, evaluation of results and possibilities of its further development.
Description
Citation
KUBIŠ, R. Shlukování biologických sekvencí [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2015.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Bioinformatika a biocomputing
Comittee
prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda)
prof. RNDr. Alexandr Meduna, CSc. (místopředseda)
Ing. Vladimír Bartík, Ph.D. (člen)
Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen)
Ing. William Steingartner, Ph.D. (člen)
doc. Ing. František Zbořil, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2015-06-22
Defence
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázku oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm " C ". Otázky u obhajoby: S jakými parametry bylo dosaženo nejlepší podobnosti s referenční sadou shluků s pomocí nástroje FitClust?
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení