Predikce vazebních míst proteinu p53

Loading...
Thumbnail Image
Date
ORCID
Mark
E
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract
Proteín p53, ktorý je kódovaný génom TP53 zohráva významnú úlohu v bunečnom cykle, ako regulátor transkripcie génov pri reakcii bunky na stresové podnety, čím funguje ako potláčateľ rakoviny. Pochopenie spôsobu jeho regulácie ako aj jeho väzby na regulovaný gén je jedným z hlavných záujmov moderného výskumu v genetike a bioinformatike. V prvej časti tejto práce predstavujeme nevyhnutné poznatky z molekulárnej biológie nutné k pochopeniu spôsobu regulácie proteínu p53 a úvod do analýzy a predikcie väzobných miest transkripčných faktorov. V druhej časti sa venujeme implementovaniu a testovaniu nami vytvoreného nástroja, ktorý bude schopný tieto väzobné miesta pre proteín p53 predikovať.
Protein p53 which is encoded by gene TP53 plays crucial role in cell cycle as a regulator of transcription of genes in cases when cell is under stress. Therefore p53 acts like tumor suppressor. Understanding the pathway of p53 regulation as well as predicting its binding sites on p53 regulated genes is one of the major concerns of modern research in genetics and bioinformatics. In first part of this project we aim to introduce basics from molecular biology to better understand the p53 protein pathway in gene transcription and introduction to analysis of prediction of p53 binding sites. Second part is about implementation and testing of tool which would be able to predict transcription factor binding sites for protein p53.
Description
Citation
RADAKOVIČ, J. Predikce vazebních míst proteinu p53 [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2015.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Inteligentní systémy
Comittee
doc. Ing. František Zbořil, CSc. (předseda) prof. Ing. Miroslav Švéda, CSc. (místopředseda) Ing. Michal Bidlo, Ph.D. (člen) prof. RNDr. Milan Češka, CSc. (člen) Prof. RNDr. Mária Lucká, Ph.D. (člen) Mgr. Ing. Pavel Očenášek, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2015-06-24
Defence
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm E. Otázky u obhajoby: Špecifikujte databázy súvisiace s väzobnými miestami transkripčných faktorov, s ktorými ste sa stretli počas práce na diplomovej práci. Načrtnite, aké typy rysov/modelov by potenciálne mohli predikciu spresniť.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení
DOI
Collections
Citace PRO