Webový server pro predikci sekundární struktury proteinů

Loading...
Thumbnail Image
Date
ORCID
Mark
B
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract
Tento diplomový projekt se zabývá problematikou predikce sekundární struktury proteinů. Po teoretickém úvodu následuje studie dostupných nástrojů, návrh a implementace webové aplikace, která kombinuje funkcionalitu několika webových nástrojů pro predikci sekundární struktury. Uživatel má možnost volit si počet využitých metod a vložit vybranou sekvenci jako prostý text nebo jako soubor ve standardním formátu. Získáním výsledků z vybraných nástrojů lze data konvertovat na unifikovaný formát, výsledek zobrazit uživateli a nad daty vytvořit vlastní predikci. Výsledná aplikace je testována a vliv jednotlivých nástrojů je upraven s cílem zvýšit úspešnost predikce. Výstupem aplikace je výsledek predikce, který je opět k dispozici jako text nebo soubor ke stažení.
This master’s thesis deals with protein secondary structure prediction. There is a theoretical introduction followed by study of available tools, proposal and implementation of web application, which combines functionality of several web tools used to predict secondary structure. User is asked to choose prediction methods and insert input sequence as plain text or upload a file. Results collected from selected tools serve to convert data into common format, show the result and create new type of prediction. Finally, the testing is applied and influences of tools are adjusted in order to increase percentage of prediction. The output of application is a result of prediction also available as plain text or as a file.
Description
Citation
VILLEM, L. Webový server pro predikci sekundární struktury proteinů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2013.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Bioinformatika a biocomputing
Comittee
prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) prof. RNDr. Milan Češka, CSc. (místopředseda) Ing. Vladimír Bartík, Ph.D. (člen) prof. RNDr. Mojmír Křetínský, CSc. (člen) Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen) doc. Ing. František Zbořil, CSc. (člen)
Date of acceptance
2013-06-20
Defence
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se pak seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm B. Otázky u obhajoby: V jakých formátech prezentují použité nástroje svoje výsledky? Jak náročné by bylo pozměnit aplikaci, aby byla zachována její funkčnost v případě, že se změní výstupní formát dat některých nástrojů.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení
DOI
Collections
Citace PRO