Detekce genů v DNA sekvencích

Loading...
Thumbnail Image
Date
ORCID
Mark
D
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract
Detekce genů v DNA sekvencích je jedním z řady složitých problémů, které jsou v současnosti řešeny v rámci bioinformatiky. Tato práce pojednává o detekci genů v DNA sekvencích s pomocí metod využívajících Skryté Markovovy modely. Obsahuje stručný popis základních principů molekulární biologie, vysvětluje způsob uložení genetické informace v DNA sekvencích a také teoretický základ Skrytých Markovových modelů. Dále je popsán postup vytváření konkrétních Skrytých Markovových modelů pro řešení problému detekce genů v DNA sekvencích, podle tohoto modelu je navržena aplikace, která je testována na reálných datech. V závěru práce jsou zhodnoceny testy aplikace a jsou navrženy další možné rozšíření projektu.
Gene detection in DNA sequences is one of the most difficult problems, which have been currently solved in bioinformatics. This thesis deals with gene detection in DNA sequences with methods using Hidden Markov Models. It contains a brief description of the fundamental principles of molecular biology, explains how genetic information is stored in DNA sequences, as well as the theoretical basis of the Hidden Markov Models. Further is described subsequent approach in the design of specific Hidden Markov Models for solving the problem of gene detection in DNA sequences. Is designed and implemented application, which uses previously designed Hidden Markov model for gene detection. This application is tested on the real data, results of these tests are discussed in the end of the thesis, as well as the possible extension and continuation of the project.
Description
Citation
ROUBALÍK, Z. Detekce genů v DNA sekvencích [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2011.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Bioinformatika a biocomputing
Comittee
prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) prof. Ing. Tomáš Vojnar, Ph.D. (místopředseda) Ing. Ivana Burgetová, Ph.D. (člen) Doc. Ing. Jaroslav Dočkal, CSc. (člen) doc. Dr. Ing. Otto Fučík (člen) doc. Ing. František Zbořil, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2011-06-20
Defence
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se pak seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm D . Otázky u obhajoby: Jak přesně jste hodnotil úspěšnost jednotlivých modelů? Proč jste se nepokusil sestavit model, který by zahrnoval více poznatků o struktuře genů a mohl by tak dosahovat lepší úspěšnosti při detekci genů?
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Přístup k plnému textu prostřednictvím internetu byl licenční smlouvou omezen na dobu 1 roku/let
DOI
Collections
Citace PRO