Konstrukce sufixových polí a jejich využití v bioinformatice
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
B
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract
Práce pojednává o perspektivní datové struktuře, která se nazývá sufixové pole. Tato datová struktura je zde podrobněji popsána a v práci je dále uvedeno rozdělení algoritmů pro konstrukci tohoto pole. Je zde popsáno několik konstrukčních algoritmů a nejpodrobněji se práce zaobírá algoritmem nazývaným qsufsort. Nakonec si ukážeme využití sufixového pole pro vyhledávání přesných (pomocí binárního vyhledávání) a přibližných (metoda QUASAR) vzorů v sekvencích DNA.
This work describes perspective data structure called suffix array. This data structure is described in more detail and this paper also contains taxonomy of suffix array construction algorithms. A few algorithms are described more precisely and most space is devoted to algorithm called qsufsort. Finally we will show how can be suffix array used in practice. This work shows usage of suffix array in exact (binary search) and approximate (QUASAR) string matching in DNA sequences.
This work describes perspective data structure called suffix array. This data structure is described in more detail and this paper also contains taxonomy of suffix array construction algorithms. A few algorithms are described more precisely and most space is devoted to algorithm called qsufsort. Finally we will show how can be suffix array used in practice. This work shows usage of suffix array in exact (binary search) and approximate (QUASAR) string matching in DNA sequences.
Description
Citation
HLÁVKA, O. Konstrukce sufixových polí a jejich využití v bioinformatice [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2011.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Informační technologie
Comittee
prof. Ing. Václav Dvořák, DrSc. (předseda)
doc. Ing. Vladimír Janoušek, Ph.D. (místopředseda)
Ing. Vladimír Bartík, Ph.D. (člen)
Ing. Petr Matoušek, Ph.D., M.A. (člen)
Ing. Aleš Smrčka, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2011-06-13
Defence
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se pak seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázku oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm " B ". Otázky u obhajoby: V závěru práce uvádíte čtyři možnosti rozšíření vaši bakalářské práce. Máte nějaké ideje, jak by šlo těchto rozšíření dosáhnout? Pokud ano, stručně se je pokuste objasnit.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení