Metody pro vylepšení genomového sestavení založené na signálovém zpracování
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
C
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Diplomová práce se zabývá sekvenačními metodami a metodami sestavení genomu s využitím numerických reprezentací. Teoretická část práce popisuje historii objevu DNA, jednotlivé generace sekvenačních metod, samotné metody sestavení genomu a definici numerických reprezentací. Numerické reprezentace slouží pro převod znakové podoby DNA do numerické podoby a umožňují tak využití metod digitálního zpracování signálu. V práci je navržen algoritmus pro sestavení genomu s využitím numerické reprezentace, který je dále otestován na datech sekvencí.
The diploma thesis deals with sequencing methods and genome assembly methods including usage of numerical representations. The theoretical part of thesis describes the history of DNA research, generations of sequencing methods, the assembly methods themselves and definiton of numerical representations. Numerical represenatations serve to convert character form of DNA to numerical form and so allow to use digital signal processing methods. There is an algorithm for genome assembly using numerical represenatation proposed in thesis, which is later tested at sequence data.
The diploma thesis deals with sequencing methods and genome assembly methods including usage of numerical representations. The theoretical part of thesis describes the history of DNA research, generations of sequencing methods, the assembly methods themselves and definiton of numerical representations. Numerical represenatations serve to convert character form of DNA to numerical form and so allow to use digital signal processing methods. There is an algorithm for genome assembly using numerical represenatation proposed in thesis, which is later tested at sequence data.
Description
Citation
JUGAS, R. Metody pro vylepšení genomového sestavení založené na signálovém zpracování [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2016.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Biomedicínské inženýrství a bioinformatika
Comittee
prof. Ing. Ivo Provazník, Ph.D. (předseda)
doc. RNDr. Martin Kovár, Ph.D. (místopředseda)
Ing. Jan Odstrčilík, Ph.D. (člen)
Ing. Jan Červený, Ph.D. (člen)
Ing. Vratislav Čmiel, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2016-06-08
Defence
Student prezentoval výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky.
Ing. Odstrčilík položil otázku: k čemu se zde používá greedy algoritmus? Proč jste zvolil tento algoritmus? Uvažoval jste nad použitím jiného algoritmu? Jak dlouho trvá váš výpočet?
Prof. Provazník položil otázku: jaká byla délka sekvencí? Jaký je překryv sekvencí na příkladu uvedeném v prezentaci?
Doc. Kovár položil otázku: jsou založeny nějaké metriky na fázové reprezentaci genomu?
Student obhájil diplomovou práci s výhradami a odpověděl na otázky členů komise a oponenta.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení