Taxonomické zaradenie kvasiniek asociovaných s lúčnymi rastlinami
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická
Abstract
Pre identifikáciu kvasiniek pomocou biotypizácie bolo vybraných celkom 60 kmeňov izolovaných z lúčnych rastlín. Príprava vybraných kmeňov prebiehala podľa štandardnej metodiky (Bruker) a metodiky vyvinutej na Chemickom ústave SAV v Bratislave pre identifikáciu kvasiniek pomocou MALDI-TOF. Pre získanie relevantných výsledkov boli využité dve kultivačné médiá. Princípom identifikácie bolo porovnávanie získaných hmotnostných spektier na základe skóre vybraných kmeňov kvasiniek izolovaných z lúčnych rastlín, ktoré ako predmety predošlých štúdií boli identifikované na základe ich fyziologicko-biochemických vlastností (verifikácia ich taxonomického zaradenia) alebo boli novozískané izoláty (ich identifikácia) so spektrami referenčných kmeňov. Referenčné kmene boli identifikované na základe sekvenovania D1/D2 26S rRNA domény. Z celkovej skupiny kvasiniek bolo biotypizáciou identifikovaných 53 kvasiniek na úrovni druhu. Zvyšných 7 kmeňov bolo navrhnutých na sekvenovanie domény D1/D2 26S rRNA, keďže sa k nim nenašli vhodné referenčné spektrá. Najväčšie zastúpenie mali kvasinky druhov Metschnikowia pulcherrima (12 %), Rhodotorula spp. (12 %), Cystofilobasidium infirmominiatum (10 %), Metschnikowia reukaufii (7 %), Metschnikowia fructicola (7 %), Sporobolomyces metaroseus (7 %), Hanseniospora uvarum (5 %), Rhodotorula mucilaginosa (5 %), Meyerozyma guillermondii (5 %), Cystofilobasidium macerans (3 %) a Rhodotorula dairenensis (3 %), ale našli sa aj kmene druhov Candida bombi, Pichia kudravzievii, Cystofilobasidium capitatum, Cystofilobasidium macerans, Solicoccozyma aeria, Sporidiobolus salmonicolor, Papiliotrema flavescens, Sporidiobolus metaroseus, Sporidiobolus pararoseus a Cryptococcus wieringae. Všeobecne sa dá konštatovať, že ide o najbohatšie zastúpenie kvasiniek izolovaných z tohto prostredia, ktoré bolo zatiaľ popísané.
In total 60 yeast strains isolated from meadow flowers were selected for identification using MALDI-TOF biotyping. Selected yeast strains were prepared according to standard (Bruker) method and method developed at Institute of Chemistry SAS in Bratislava for MALDI-TOF yeast identification. To acquire valuable data two cultivating media were used. The principle of identification embody in comparing obtained mass spectra according to the score of selected yeast strain isolated from meadow plants, formerly identified by physicobiochemical properties (verification of their taxonomic classification) or the new isolates (their identification) with mass spectra of the reference yeast cultures. Reference yeast cultures were identified by sequencing the D1/D2 of 26S rRNA domain. In total 53 yeast strains were identified by biotyping at species level. The remaining 7 yeast strains were designed to be identified by sequencing the D1/D2 26S rRNA domain as the reference mass spectra were not available. The highest abundance of yeast species was as follows Metschnikowia pulcherrima (12 %), Rhodotorula spp. (12 %), Cystofilobasidium infirmominiatum (10 %), Metschnikowia reukaufii (7 %), Metschnikowia fructicola (7 %), Sporobolomyces metaroseus (7 %), Hanseniospora uvarum (5 %), Rhodotorula mucilaginosa (5 %), Meyerozyma guillermondii (5 %), Cystofilobasidium macerans (3 %) a Rhodotorula dairenensis (3 %), and yeast strains of species Candida bombi, Pichia kudravzievii, Cystofilobasidium capitatum, Cystofilobasidium macerans, Solicoccozyma aeria, Sporidiobolus salmonicolor, Papiliotrema flavescens, Sporidiobolus metaroseus, Sporidiobolus pararoseus and Cryptococcus wieringae were identified as well. In general, the most diverse abundance of yeast species were isolated from meadow plants comparing to the older studies.
In total 60 yeast strains isolated from meadow flowers were selected for identification using MALDI-TOF biotyping. Selected yeast strains were prepared according to standard (Bruker) method and method developed at Institute of Chemistry SAS in Bratislava for MALDI-TOF yeast identification. To acquire valuable data two cultivating media were used. The principle of identification embody in comparing obtained mass spectra according to the score of selected yeast strain isolated from meadow plants, formerly identified by physicobiochemical properties (verification of their taxonomic classification) or the new isolates (their identification) with mass spectra of the reference yeast cultures. Reference yeast cultures were identified by sequencing the D1/D2 of 26S rRNA domain. In total 53 yeast strains were identified by biotyping at species level. The remaining 7 yeast strains were designed to be identified by sequencing the D1/D2 26S rRNA domain as the reference mass spectra were not available. The highest abundance of yeast species was as follows Metschnikowia pulcherrima (12 %), Rhodotorula spp. (12 %), Cystofilobasidium infirmominiatum (10 %), Metschnikowia reukaufii (7 %), Metschnikowia fructicola (7 %), Sporobolomyces metaroseus (7 %), Hanseniospora uvarum (5 %), Rhodotorula mucilaginosa (5 %), Meyerozyma guillermondii (5 %), Cystofilobasidium macerans (3 %) a Rhodotorula dairenensis (3 %), and yeast strains of species Candida bombi, Pichia kudravzievii, Cystofilobasidium capitatum, Cystofilobasidium macerans, Solicoccozyma aeria, Sporidiobolus salmonicolor, Papiliotrema flavescens, Sporidiobolus metaroseus, Sporidiobolus pararoseus and Cryptococcus wieringae were identified as well. In general, the most diverse abundance of yeast species were isolated from meadow plants comparing to the older studies.
Description
Citation
ČURILLOVÁ, N. Taxonomické zaradenie kvasiniek asociovaných s lúčnymi rastlinami [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2018.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
sk
Study field
Biotechnologie
Comittee
prof. RNDr. Ivana Márová, CSc. (předseda)
doc. Ing. Pavel Diviš, Ph.D. (místopředseda)
doc. Ing. Stanislav Obruča, Ph.D. (člen)
RNDr. Renata Mikulíková, Ph.D. (člen)
doc. Mgr. Václav Brázda, Ph.D. (člen)
doc. Ing. Adriána Kovalčík, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2018-06-14
Defence
1. Studentka seznámila členy komise s náplní a cílem bakalářské práce.
2. Byly přečteny posudky na bakalářskou práci.
3. Studentka akceptovala všechny připomínky oponenta a na všechny otázky odpověděla v plné šíři.
Diskuse
prof. Márová: Jak velká sbírka z izolovaných kmenů již existuje, kolik je v databázi kmenů?
doc. Diviš: Za jakým účelem byly odebírány kvasinky právě z lučních rostlin? Co značí jednotlivé barvy signálů ve spektru z MALDI?
dr. Mikulíková: V názvu práce uvádíte izolaci kvasinek u lučních rostlin, můžete specifikovat z jaké části rostliny byly kvasinky izolovány?
doc. Brázda: Je možné pomocí využívané metody identifikovat i směs mikroorganismů?
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení