Efektivní analýza stochastických biochemických systémů
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
C
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract
Cieľom tejto práce je zefektívniť výpočet biochemických reakčných sietí. Na modelovanie biochemických systémov pomocou numerických metód sa používajú Markovove reťazce v spojitom čase. Problémom pri biochemických reakciách je vznik nezvládnuteľného množstva stavov. Metóda rýchlej adaptívnej uniformizácie rieši tento problém za cenu malej zaokrúhľovacej chyby. Táto metóda bola implementovaná v nástroji STORM, ktorý slúži na analýzu systémov obsahujúcich pravdepodobnostné javy. Následne bola efektivita tejto metódy overená na sade experimentov.
The aim of the thesis is to make computation of the biochemical reaction networks more efficient. Modeling of biochemical systems using numerical methods uses continuous-time Markov chains. The problem is that in biochemical reactions arises an unmanageable amount of states. The fast adaptive uniformization method solves this problem at the cost of a small rounding mistake. This method was implemented in the STORM, which is tool for the analysis of systems involving random or probabilistic phenomena. Consequently, the effectiveness of this method was verified on a set of experiments.
The aim of the thesis is to make computation of the biochemical reaction networks more efficient. Modeling of biochemical systems using numerical methods uses continuous-time Markov chains. The problem is that in biochemical reactions arises an unmanageable amount of states. The fast adaptive uniformization method solves this problem at the cost of a small rounding mistake. This method was implemented in the STORM, which is tool for the analysis of systems involving random or probabilistic phenomena. Consequently, the effectiveness of this method was verified on a set of experiments.
Description
Citation
TUŠIMOVÁ, L. Efektivní analýza stochastických biochemických systémů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2018.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Informační technologie
Comittee
prof. Ing. Tomáš Vojnar, Ph.D. (předseda)
prof. Ing. Jan M. Honzík, CSc. (místopředseda)
doc. Ing. Martin Čadík, Ph.D. (člen)
doc. Ing. Jan Kořenek, Ph.D. (člen)
Ing. Aleš Smrčka, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2018-06-11
Defence
Studentka nejprve prezentovala výsledky, kterých dosáhla v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Studentka následně odpověděla na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studentky na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm " C ". Otázky u obhajoby: Proč jste v experimentech nepracovala více s modely biochemických systému, když jsou zmíněny v názvu práce? Bude Vaše práce zařazena do nástroje STORM jeho autory?
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení