but.committee	prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) doc. Ing. Ondřej Ryšavý, Ph.D. (místopředseda) Ing. Matěj Grégr, Ph.D. (člen) doc. Mgr. Lukáš Holík, Ph.D. (člen) Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen) doc. Ing. Radomil Matoušek, Ph.D. (člen)	cs
but.defence	Studentka nejprve prezentovala výsledky, kterých dosáhla v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Studentka následně odpověděla na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studentky na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm A. Otázky u obhajoby: Při generování testovacích metagenomických vzorků používáte organismy se známým i neznámým funkčním profilem. Co kdybyste generovala testovací vzorky tak, že by obsahovaly pouze organismy s neznámým funkčním profilem? Jaký vliv by to mělo na vyhodnocení? U metody založené na fylogenetickém stromu popisujete algoritmus hledání nejbližších organismů. Využíváte v něm délky hran v daném fylogenetickém stromu?	cs
but.jazyk	angličtina (English)
but.program	Informační technologie	cs
but.result	práce byla úspěšně obhájena	cs
dc.contributor.advisor	Smatana, Stanislav	en
dc.contributor.author	Bieliková, Michaela	en
dc.contributor.referee	Hon, Jiří	en
dc.date.accessioned	2019-07-08T15:56:58Z
dc.date.available	2019-07-08T15:56:58Z
dc.date.created	2019	cs
dc.description.abstract	Ľudské telo je prostredím pre život neuveriteľného množstva mikróbov. Niektoré z nich môžu spôsobovať rôzne choroby, ale ďalšie, napríklad črevný mikrobióm, sú pre život a zdravie človeka nepostrádateľné. Nanešťastie, črevný mikrobióm nie je detailne preštudovaný, pretože obsahuje tisíce rôznych druhov baktérií, z ktorých väčšina sa nedá kultivovať v laboratórnych podmienkach. Riešením tohto problému sú nové rýchle metódy sekvenovania v kombináciou s bioinformatickými nástrojmi na výpočet funkčného profilu baktérií vo vzorke. V tejto práci si predstavíme existujúce nástroje predpovedajúce funkčný profil, a následne navrhneme nový nástroj, ktorý môže implementovať konsenzus nad výsledkami existujúcich nástrojov, alebo sa môže jednať o úplne nový nástroj.	en
dc.description.abstract	Humans are host to an enormous variety of microbes, bacterial, archaeal, fungal, and viral. Some of these can cause serious diseases, but others, particularly gut microbiome, are essential to human life. Unfortunately, gut microbiome is not well documented, since it contains thousands of different kinds of bacteria most of which cannot be cultivated in laboratories, and we do not know all of its functions. The recent solution to this problem seems to be high-throughput sequencing in combination with bioinformatics tools for functional profile prediction. In this thesis, bioinformatics tools for functional profile prediction will be introduces, along with their advantages and disadvantages. The goal of this thesis is to create a new tool for functional profile prediction, which can either employ a consensus of the existing tools, or can be a brand new tool inspired by these.	cs
dc.description.mark	A	cs
dc.identifier.citation	BIELIKOVÁ, M. Bioinformatický nástroj pro odhad abundance bakteriálních funkčních molekul v biologických vzorcích na základě metagenomických dat 16S rRNA [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2019.	cs
dc.identifier.other	122004	cs
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11012/180377
dc.language.iso	en	cs
dc.publisher	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií	cs
dc.rights	Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení	cs
dc.subject	bioinformatika	en
dc.subject	metagenomika	en
dc.subject	bakteriální funkční profil	en
dc.subject	KO profil	en
dc.subject	16S rRNA	en
dc.subject	PiCRUST	en
dc.subject	bioinformatics	cs
dc.subject	metagenomics	cs
dc.subject	bacterial functional profile	cs
dc.subject	KO profile	cs
dc.subject	16S rRNA	cs
dc.subject	PiCRUST	cs
dc.title	Bioinformatický nástroj pro odhad abundance bakteriálních funkčních molekul v biologických vzorcích na základě metagenomických dat 16S rRNA	en
dc.title.alternative	Bioinformatic Tool for Estimation of Abundances of Bacterial Functional Molecules in Biological Samples Based on 16S rRNA Metagenomic Data	cs
dc.type	Text	cs
dc.type.driver	masterThesis	en
dc.type.evskp	diplomová práce	cs
dcterms.dateAccepted	2019-06-20	cs
dcterms.modified	2019-07-08-13:31:23	cs
eprints.affiliatedInstitution.faculty	Fakulta informačních technologií	cs
sync.item.dbid	122004	en
sync.item.dbtype	ZP	en
sync.item.insts	2021.11.23 01:02:57	en
sync.item.modts	2021.11.22 23:53:30	en
thesis.discipline	Bioinformatika a biocomputing	cs
thesis.grantor	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav počítačových systémů	cs
thesis.level	Inženýrský	cs
thesis.name	Ing.	cs

Bioinformatický nástroj pro odhad abundance bakteriálních funkčních molekul v biologických vzorcích na základě metagenomických dat 16S rRNA

Files

Original bundle

Collections