Vývoj workflow pro kontrolu kvality hmotnostně-spektrometrických dat v prostředí KNIME

Simple item page
but.committeeprof. Pharm.Dr. Petr Babula, Ph.D. (předseda) Ing. Marina Ronzhina, Ph.D. (místopředseda) Ing. Roman Jakubíček, Ph.D. (člen) Ing. Jan Červený, Ph.D. (člen) Mgr. Ing. Karel Sedlář, Ph.D. (člen) Mgr. Bc. Darina Čejková, Ph.D. (člen)cs
but.defenceStudentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Studentka odpověděla na otázky oponenta Mgr. Zezuly. Ing. Sedlář položil otázku, je možné využívat navržené workflow i jinde? Co je výstupem pipeline? Ing. Ronzhina položila otázku, vypočtené metriky jsou standardně používané? Jsou tam možnosti vizualizace výsledků? Kolik časů se ušetří na kontrole kvality? Studentka obhájila diplomovou práci a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.cs
but.jazykčeština (Czech)
but.programBiomedicínské inženýrství a bioinformatikacs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
dc.contributor.advisorPotěšil,, Davidcs
dc.contributor.authorSchneiderová, Annacs
dc.contributor.refereeZezula, Nikodémcs
dc.date.accessioned2022-06-09T06:52:34Z
dc.date.available2022-06-09T06:52:34Z
dc.date.created2022cs
dc.description.abstractProteomický experiment s využitím kapalinové chromatografie a hmotnostní spektrometrie je velmi komplexní technika s celou řadou proměnných, které mohou ovlivnit kvalitu výstupních dat. Průběžná kontrola kvality výstupních dat a stavu používané instrumentace je proto klíčová pro získání kvalitních dat. Pro systematickou a automatizovanou kontrolu kvality dat bylo navrženo workflow, které bylo následně implementováno v prostředí KNIME. Workflow umožňuje získat a zaznamenat vybrané metriky pro kontrolu kvality, které je možné využít ke sledování variability v datech a zachytit počínající technické problémy systému.cs
dc.description.abstractProteomic experiment using liquid chromatography and mass spectrometry is a complex technique with multiple variables that can affect the quality of output data. Data quality control and instrument status monitoring are therefore essential for high quality data acquisition. Designed workflow, implemented within the KNIME environment, allows systematic and automatic data quality control. The workflow allows to obtain and record selected quality control metrics which could be used to ascertain data variability and prevent technical problems.en
dc.description.markBcs
dc.identifier.citationSCHNEIDEROVÁ, A. Vývoj workflow pro kontrolu kvality hmotnostně-spektrometrických dat v prostředí KNIME [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2022.cs
dc.identifier.other142101cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/204922
dc.language.isocscs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectproteomikacs
dc.subjecthmotnostní spektrometriecs
dc.subjectkontrola kvalitycs
dc.subjectidentifikace peptidůcs
dc.subjectidentifikace proteinůcs
dc.subjectkvantifikace peptidůcs
dc.subjectkvantifikace proteinůcs
dc.subjectKNIMEcs
dc.subjectOpenMScs
dc.subjectPythoncs
dc.subjectSQLitecs
dc.subjectproteomicsen
dc.subjectmass spectrometryen
dc.subjectquality controlen
dc.subjectpeptide identificationen
dc.subjectprotein identificationen
dc.subjectpeptide quantificationen
dc.subjectprotein quantificationen
dc.subjectKNIMEen
dc.subjectOpenMSen
dc.subjectPythonen
dc.subjectSQLiteen
dc.titleVývoj workflow pro kontrolu kvality hmotnostně-spektrometrických dat v prostředí KNIMEcs
dc.title.alternativeDevelopment of workflow for quality control of mass spectrometry data in KNIME environmenten
dc.typeTextcs
dc.type.drivermasterThesisen
dc.type.evskpdiplomová prácecs
dcterms.dateAccepted2022-06-08cs
dcterms.modified2022-06-08-14:00:13cs
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
sync.item.dbid142101en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2022.06.09 08:52:34en
sync.item.modts2022.06.09 08:14:42en
thesis.disciplinebez specializacecs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrstvícs
thesis.levelInženýrskýcs
thesis.nameIng.cs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 3 of 3
Thumbnail Image
Name:
final-thesis.pdf
Size:
7.27 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
final-thesis.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
appendix-1.zip
Size:
13.85 MB
Format:
zip
Description:
appendix-1.zip
Download
Thumbnail Image
Name:
review_142101.html
Size:
6.03 KB
Format:
Hypertext Markup Language
Description:
review_142101.html
Download
Collections
2022