Aplikace pro zpracování dat z oblasti evoluční biologie
| but.committee | prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) prof. Ing. Tomáš Vojnar, Ph.D. (místopředseda) Ing. Ivana Burgetová, Ph.D. (člen) Doc. Ing. Jaroslav Dočkal, CSc. (člen) doc. Dr. Ing. Otto Fučík (člen) doc. Ing. František Zbořil, Ph.D. (člen) | cs |
| but.defence | Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se pak seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm A . Otázky u obhajoby: Jak se v aplikaci provádí překlad sekvence aminokyselin do sekvence nukleotidů? (Jedná se o jeden z požadavků na vytvářenou aplikaci uvedený na straně 31.) V rámci diplomové práce byl implementován i algoritmus TDCG pro tvorbu fylogenetických stromů. Jakých výsledků dosahoval tento algoritmus při testech na reálných datech v porovnání s ostatními implementovanými algoritmy. | cs |
| but.jazyk | čeština (Czech) | |
| but.program | Informační technologie | cs |
| but.result | práce byla úspěšně obhájena | cs |
| dc.contributor.advisor | Očenášek, Pavel | cs |
| dc.contributor.author | Vogel, Ivan | cs |
| dc.contributor.referee | Burgetová, Ivana | cs |
| dc.date.accessioned | 2018-10-21T17:08:51Z | |
| dc.date.available | 2018-10-21T17:08:51Z | |
| dc.date.created | 2011 | cs |
| dc.description.abstract | Tvorba fylogenetických stromů je v současnosti běžnou vizualizační metodou na vyjádření evolučních vztahů druhů. Tato práce se soustředí na vysvětlení matematické teorie popisující molekulární fylogenetiku a na návrh modifikovaného algoritmu na odvozování evolučního stromu založeného na vnitroskupinové analýze nukleotidových a aminokyselinových sekvencí. Dále popisuje objektový návrh a implementaci těchto metod v jazyce Python a integraci nástroje do velkého bioinformatického portálu. Navžená řešení dávají lepší výsledky oproti konvenčním metodám při zhlukování předdefinovaných shluků a jsou co do vstupních dat široce použitelné. Práce také závěrem diskutuje možné jiné aplikace navrhnutých metod a ich rozšíření na iné obory informačních technologií. | cs |
| dc.description.abstract | Phylogenetic tree inference is a very common method for visualising evolutionary relationships among species. This work focuses on explanation of mathematical theory behind molecular phylogenetics as well as design of a modified algorithm for phylogenetic tree inference based on intra-group analysis of nucleotide and amino acid sequences. Furthermore, it describes the object design and implementation of the proposed methods in Python language, as well as its integration into powerful bioinformatic portal. The proposed modified algorithmic solutions give better results comparing to standard methods, especially on the field of clustering of predefined groups. Finally, future work as well as an application of proposed methods to other fields of information technology are discussed. | en |
| dc.description.mark | A | cs |
| dc.identifier.citation | VOGEL, I. Aplikace pro zpracování dat z oblasti evoluční biologie [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2011. | cs |
| dc.identifier.other | 42374 | cs |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/11012/52775 | |
| dc.language.iso | cs | cs |
| dc.publisher | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií | cs |
| dc.rights | Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení | cs |
| dc.subject | substituční model | cs |
| dc.subject | fylogenetický strom | cs |
| dc.subject | markovský řetězec | cs |
| dc.subject | vnitroskupinová analýza | cs |
| dc.subject | neighbor-joining | cs |
| dc.subject | Mobyle | cs |
| dc.subject | substitution model | en |
| dc.subject | phylogenetic tree | en |
| dc.subject | Markov chain | en |
| dc.subject | intragroup analysis | en |
| dc.subject | neighbor-joining | en |
| dc.subject | Mobyle | en |
| dc.title | Aplikace pro zpracování dat z oblasti evoluční biologie | cs |
| dc.title.alternative | Application for the Data Processing in the Area of Evolutionary Biology | en |
| dc.type | Text | cs |
| dc.type.driver | masterThesis | en |
| dc.type.evskp | diplomová práce | cs |
| dcterms.dateAccepted | 2011-06-20 | cs |
| dcterms.modified | 2020-05-09-23:41:04 | cs |
| eprints.affiliatedInstitution.faculty | Fakulta informačních technologií | cs |
| sync.item.dbid | 42374 | en |
| sync.item.dbtype | ZP | en |
| sync.item.insts | 2021.11.08 13:08:38 | en |
| sync.item.modts | 2021.11.08 12:52:07 | en |
| thesis.discipline | Bioinformatika a biocomputing | cs |
| thesis.grantor | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav informačních systémů | cs |
| thesis.level | Inženýrský | cs |
| thesis.name | Ing. | cs |