Development of a magnetic electrochemical bar code array for point mutation detection in the H5N1 neuraminidase gene

Simple item page
dc.contributor.authorKrejčová, Ludmilacs
dc.contributor.authorHynek, Davidcs
dc.contributor.authorKopel, Pavelcs
dc.contributor.authorMerlos Rodrigo, Miguel Ángelcs
dc.contributor.authorAdam, Vojtěchcs
dc.contributor.authorHubálek, Jaromírcs
dc.contributor.authorBabula, Petrcs
dc.contributor.authorTrnková, Libušecs
dc.contributor.authorKizek, Renécs
dc.coverage.issue7cs
dc.coverage.volume5cs
dc.date.accessioned2020-08-04T11:58:00Z
dc.date.available2020-08-04T11:58:00Z
dc.date.issued2013-07-15cs
dc.description.abstractSince its first official detection in the Guangdong province of China in 1996, the highly pathogenic avian influenza virus of H5N1 subtype (HPAI H5N1) has reportedly been the cause of outbreaks in birds in more than 60 countries, 24 of which were European. The main issue is still to develop effective antiviral drugs. In this case, single point mutation in the neuraminidase gene, which causes resistance to antiviral drug and is, therefore, subjected to many studies including ours, was observed. In this study, we developed magnetic electrochemical bar code array for detection of single point mutations (mismatches in up to four nucleotides) in H5N1 neuraminidase gene. Paramagnetic particles Dynabeads with covalently bound oligo (dT)25 were used as a tool for isolation of complementary H5N1 chains (H5N1 Zhejin, China and Aichi). For detection of H5N1 chains, oligonucleotide chains of lengths of 12 (+5 adenine) or 28 (+5 adenine) bp labeled with quantum dots (CdS, ZnS and/or PbS) were used. Individual probes hybridized to target molecules specifically with efficiency higher than 60%. The obtained signals identified mutations present in the sequence. Suggested experimental procedure allows obtaining further information from the redox signals of nucleic acids. Moreover, the used biosensor exhibits sequence specificity and low limits of detection of subnanogram quantities of target nucleic acidsen
dc.description.abstractOd svého prvního oficiálního odhalení v provincii Guangdong v Číně v roce 1996, byl vysoce patogenní virus influenzy ptáků podtypu H5N1 (HPAI H5N1) údajně příčinou vyvolání choroby u ptáků ve více než 60 zemích světa, z nichž 24 bylo evropských. Hlavním problémem je i nadále rozvíjení efektivních antivirotik. V tomto případě byla pozorována jediná bodová mutace v genu neuraminidázy, která způsobuje odolnost vůči antivirovému léku, a je proto podroben mnoha studií, včetně té naší. V této studii jsme vyvinuli elektrochemické barkodové pole pro detekci jednotlivých bodových mutací (nesoulad až do čtyř nukleotidů) v genu neuraminidázy H5N1. Paramagnetické částice Dynabeads s kovalentně vázaným oligo dT (25) byly použity jako nástroje pro izolaci komplementárních řetězců H5N1 (H5N1 Zhejin, Čína a Aichi). Pro detekci řetězců H5N1 byly použity řetězce oligonukleotidů o délce 12 (5 adenin), nebo 28 (5 adenin) bp označené kvantovými tečkami (CdS, ZnS a / nebo PbS). Jednotlivé sondy se hybridizují k cílovým molekulám specificky s účinností vyšší než 60 %. Získané signály identifikovaly přítomnost mutací v sekvencích. Doporučený experimentální postup umožňuje získat další informace redoxních signálů nukleových kyselin. Použitý biosensor vykazuje sekvenční specificitu a nízké meze detekce v subnanogramových množství cílové nukleové kyseliny.cs
dc.formattextcs
dc.format.extent1719-1739cs
dc.format.mimetypeapplication/pdfcs
dc.identifier.citationVIRUSES-BASEL. 2013, vol. 5, issue 7, p. 1719-1739.en
dc.identifier.doi10.3390/v5071719cs
dc.identifier.issn1999-4915cs
dc.identifier.other100955cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/137233
dc.language.isoencs
dc.publisherMDPIcs
dc.relation.ispartofVIRUSES-BASELcs
dc.relation.urihttps://www.mdpi.com/1999-4915/5/7/1719cs
dc.rightsCreative Commons Attribution 3.0 Unportedcs
dc.rights.accessopenAccesscs
dc.rights.sherpahttp://www.sherpa.ac.uk/romeo/issn/1999-4915/cs
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by/3.0/cs
dc.subjectpatogenní virus influenzy ptáků
dc.subjectantivirotika
dc.subjectgen neuraminidázy
dc.subjectoligonukleotid
dc.subjectnukleové kyseliny
dc.subjectpathogenic avian influenza virusen
dc.subjectantiviral drugsen
dc.subjectneuraminidase geneen
dc.subjectoligonucleotideen
dc.subjectnucleic acidsen
dc.titleDevelopment of a magnetic electrochemical bar code array for point mutation detection in the H5N1 neuraminidase geneen
dc.title.alternativeVývoj magnetického elektrochemického barkodového pole pro analýzu bodových mutací v genu neuraminidazy H5N1cs
dc.type.driverarticleen
dc.type.statusPeer-revieweden
dc.type.versionpublishedVersionen
sync.item.dbidVAV-100955en
sync.item.dbtypeVAVen
sync.item.insts2020.08.04 13:58:00en
sync.item.modts2020.08.04 12:49:00en
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Středoevropský technologický institut VUT. Chytré nanonástrojecs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrstvícs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav mikroelektronikycs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 1 of 1
Thumbnail Image
Name:
viruses0501719.pdf
Size:
686.92 KB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
viruses0501719.pdf
Download
Collections
Chytré nanonástroje
Ústav biomedicínského inženýrství
Ústav mikroelektroniky