Vývoj workflow pro kontrolu kvality hmotnostně-spektrometrických dat v prostředí KNIME
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
B
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Proteomický experiment s využitím kapalinové chromatografie a hmotnostní spektrometrie je velmi komplexní technika s celou řadou proměnných, které mohou ovlivnit kvalitu výstupních dat. Průběžná kontrola kvality výstupních dat a stavu používané instrumentace je proto klíčová pro získání kvalitních dat. Pro systematickou a automatizovanou kontrolu kvality dat bylo navrženo workflow, které bylo následně implementováno v prostředí KNIME. Workflow umožňuje získat a zaznamenat vybrané metriky pro kontrolu kvality, které je možné využít ke sledování variability v datech a zachytit počínající technické problémy systému.
Proteomic experiment using liquid chromatography and mass spectrometry is a complex technique with multiple variables that can affect the quality of output data. Data quality control and instrument status monitoring are therefore essential for high quality data acquisition. Designed workflow, implemented within the KNIME environment, allows systematic and automatic data quality control. The workflow allows to obtain and record selected quality control metrics which could be used to ascertain data variability and prevent technical problems.
Proteomic experiment using liquid chromatography and mass spectrometry is a complex technique with multiple variables that can affect the quality of output data. Data quality control and instrument status monitoring are therefore essential for high quality data acquisition. Designed workflow, implemented within the KNIME environment, allows systematic and automatic data quality control. The workflow allows to obtain and record selected quality control metrics which could be used to ascertain data variability and prevent technical problems.
Description
Keywords
proteomika, hmotnostní spektrometrie, kontrola kvality, identifikace peptidů, identifikace proteinů, kvantifikace peptidů, kvantifikace proteinů, KNIME, OpenMS, Python, SQLite, proteomics, mass spectrometry, quality control, peptide identification, protein identification, peptide quantification, protein quantification, KNIME, OpenMS, Python, SQLite
Citation
SCHNEIDEROVÁ, A. Vývoj workflow pro kontrolu kvality hmotnostně-spektrometrických dat v prostředí KNIME [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2022.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
bez specializace
Comittee
prof. Pharm.Dr. Petr Babula, Ph.D. (předseda)
Ing. Marina Ronzhina, Ph.D. (místopředseda)
Ing. Roman Jakubíček, Ph.D. (člen)
Ing. Jan Červený, Ph.D. (člen)
Mgr. Ing. Karel Sedlář, Ph.D. (člen)
Mgr. Bc. Darina Čejková, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2022-06-08
Defence
Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Studentka odpověděla na otázky oponenta Mgr. Zezuly. Ing. Sedlář položil otázku, je možné využívat navržené workflow i jinde? Co je výstupem pipeline? Ing. Ronzhina položila otázku, vypočtené metriky jsou standardně používané? Jsou tam možnosti vizualizace výsledků? Kolik časů se ušetří na kontrole kvality? Studentka obhájila diplomovou práci a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení