but.committee	prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) doc. Ing. Zdeněk Vašíček, Ph.D. (místopředseda) Ing. Michal Bidlo, Ph.D. (člen) Ing. Ivana Burgetová, Ph.D. (člen) Ing. Ondřej Lengál, Ph.D. (člen) doc. Ing. Radomil Matoušek, Ph.D. (člen)	cs
but.defence	Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm A. Otázky u obhajoby: V čem spočíval problém při integraci nástroje AlphaFold pro predikci homologních sekvencí? Výpočet B-faktorů a ancestrálních sekvencí aktuálně není zapojen do části predikce vícenásobných mutací. Dává vám takové zapojení smysl a jak by jste jej případně implementoval? V práci uvádíte novou metodu pro predikci vícenásobných mutantů s využitím techniky detekce klik v grafu. Proč je zrovna klika ten správný útvar vedoucí ke stabilnějším proteinům? Co je hlavním přínosem Vaší práce?	cs
but.jazyk	angličtina (English)
but.program	Informační technologie a umělá inteligence	cs
but.result	práce byla úspěšně obhájena	cs
dc.contributor.advisor	Musil, Miloš	en
dc.contributor.author	Kadleček, Josef	en
dc.contributor.referee	Martínek, Tomáš	en
dc.date.accessioned	2022-06-24T07:56:01Z
dc.date.available	2022-06-24T07:56:01Z
dc.date.created	2022	cs
dc.description.abstract	Tato práce se soustředí na rozšíření výpočetního nástroje pro predikci mutací proteinů za účelem zvýšení jejich stability. Stabilizace proteinů je nezbytnou součástí návrhu léčiv, a jelikož experimentální vyhodnocení přínosu jednotlivých mutací na stabilitu proteinu je nákladné a zdlouhavé, byl vyvinut nástroj FireProt. FireProt využívá kombinaci evolučních a energetických přístupů pro identifikaci potencionálně stabilizujících mutací. Tato práce rozšiřuje nástroj FireProt o možnost zadat vlastní mutace k analýze, integruje predikční nástroj FireProt ASR a dává možnost uživateli vybrat z několika strategií pro detekci stabilizujících mutací. Tato práce dále rozšiřuje nástroj FireProt o další informace k jednotlivým residuím (jako je například relativní B-faktor), umožňuje využít homologní modelování k vytvoření struktury proteinu na základě jeho sekvence, a v neposlední řadě představuje nový přístup k návrhu vícebodových mutantů.	en
dc.description.abstract	This thesis focuses on enriching computational tools for the prediction of protein mutations for the purpose of enriching their stability. Stable mutants of proteins are necessary for the development of the new drugs. Unfortunately, experimental validation of the stabilization effect of given mutations is costly and time demanding. Therefore, the FireProt tool was developed. FireProt utilizes a combination of both evolutionary and energy-based approaches for identifying potentially stabilizing mutations. This thesis enriches the FireProt tool with the possibility of entering custom mutations for the analysis. It also integrates other prediction software, FireProt ASR, and provides user with an option to select multiple mutational strategies for the detection of stabilizing mutations. Furthermore, it enriches the FireProt tool with another information about proteins residues (for instance relative B-factor) and makes it possible to utilize homology modeling to model the protein's structure based on its sequence. Lastly, it introduces a novel approach for the design of multiple-point mutants.	cs
dc.description.mark	A	cs
dc.identifier.citation	KADLEČEK, J. Výpočetní metoda pro predikci a konstrukci stabilních proteinů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2022.	cs
dc.identifier.other	145433	cs
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11012/207905
dc.language.iso	en	cs
dc.publisher	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií	cs
dc.rights	Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení	cs
dc.subject	Proteinové inženýrství	en
dc.subject	mutace aminokyselin	en
dc.subject	stabilita proteinů	en
dc.subject	predikce stability	en
dc.subject	vícebodové mutace	en
dc.subject	Protein engineering	cs
dc.subject	amino acid mutation	cs
dc.subject	protein stability	cs
dc.subject	stability prediction	cs
dc.subject	multiple-point mutants	cs
dc.title	Výpočetní metoda pro predikci a konstrukci stabilních proteinů	en
dc.title.alternative	Computational Workflow for the Prediction and Design of Stable Proteins	cs
dc.type	Text	cs
dc.type.driver	masterThesis	en
dc.type.evskp	diplomová práce	cs
dcterms.dateAccepted	2022-06-21	cs
dcterms.modified	2022-06-23-09:13:51	cs
eprints.affiliatedInstitution.faculty	Fakulta informačních technologií	cs
sync.item.dbid	145433	en
sync.item.dbtype	ZP	en
sync.item.insts	2022.06.24 09:56:01	en
sync.item.modts	2022.06.24 08:16:11	en
thesis.discipline	Bioinformatika a biocomputing	cs
thesis.grantor	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav informačních systémů	cs
thesis.level	Inženýrský	cs
thesis.name	Ing.	cs

Výpočetní metoda pro predikci a konstrukci stabilních proteinů

Files

Original bundle

Collections