Welcome to the BUT Digital Library - an institutional repository operated by the Central Library on the DSpace system.

Do you want to deposit your article or preceedings into Digital Library? It is very simple. You can find all the information in the manual published online on BUT Portal of libraries.

Central Library supports open access to scientific publishing - Open Access.

You can also request for grant for open publishing from Open Access Fund You can find more information OA fund web page.

Into the Digital Library is integrated citation manager Citace PRO. It will allow you to easily create a bibliographic citation or save a record in the manager.

 

Recent Submissions

Item
Augusta: From RNA-Seq to Gene Regulatory Networks and Boolean Models
(Elsevier, 2024-01-20) Musilová, Jana; Vafek, Zdeněk; Punyia, Bhanwar; Zimmer, Ralf; Helikar, Tomáš; Sedlář, Karel
Computational models of gene regulations help to understand regulatory mechanisms and are extensively used in a wide range of areas, e.g., biotechnology or medicine, with significant benefits. Unfortunately, there are only a few computational gene regulatory models of whole genomes allowing static and dynamic analysis due to the lack of sophisticated tools for their reconstruction. Here, we describe Augusta, an open-source Python package for Gene Regulatory Network (GRN) and Boolean Network (BN) inference from the high-throughput gene expression data. Augusta can reconstruct genome-wide models suitable for static and dynamic analyses. Augusta uses a unique approach where the first estimation of a GRN inferred from expression data is further refined by predicting transcription factor binding motifs in promoters of regulated genes and by incorporating verified interactions obtained from databases. Moreover, a refined GRN is transformed into a draft BN by searching in the curated model database and setting logical rules to incoming edges of target genes, which can be further manually edited as the model is provided in the SBML file format. The approach is applicable even if information about the organism under study is not available in the databases, which is typically the case for non-model organisms including most microbes. Augusta can be operated from the command line and, thus, is easy to use for automated prediction of models for various genomes. The Augusta package is freely available at github.com/JanaMus/Augusta. Documentation and tutorials are available at augusta.readthedocs.io.
Item
Structure of Flow Fields Downstream of Two Different Swirll Generators
(2012-05-14) Štefan, David; Rudolf, Pavel
This paper discusses the comparison of the flow fields downstream of two different swirl generators. Both swirl generators are used to imitate the flow at the exit of the hydraulic turbine runner and study spatio-temporal behaviour of the swirling flow in the draft tube (i.e. outlet diffuser part of the hydraulic turbine), which undergoes breakdown into vortex rope. Unsteady CFD computations are carried out for identical Reynolds number. Resulting velocity and vorticity profiles are correlated with the structure of the vortex rope. Difference in excited pressure pulsations is illustrated on amplitudefrequency spectra of static wall pressure.
Item
High Line: Realizační principy, udržitelnost a společenský kontext
(Ústav územního rozvoje, 2017-05-22) Palacký, Jiří; Krištof, Michal; Kubínová, Šárka
High Line je jedním z nejnavštěvovanějších veřejných prostorů na světě. Denně sem směřují tisíce lidí, aby si ověřili zážitek z přírodně koncipovaného parku, procházejícího napříč galerijní čtvrtí západního Manhattanu. V době, kdy ho architekti Ricardo Scofi dio a Matthew Johnson ze studia Diller Scofi dio + Renfro, ve spolupráci s Pietem Oudolfem a s Jamesem Cornerem (Field Operations) koncipovali, neexistovalo ještě velké množství obdobných příkladů. Sedm let po dokončení první fáze parku lze již hovořit o téměř šedesáti realizovaných projektech inspirovaných úspěchem High Line (Corner et al., 2015). O tom, jaké byly záměry autorů při rekonstrukci této jedinečné dopravní konstrukce a jaká byla úskalí designu celé realizace v kontextu její udržitelnosti, mnohé napoví rozhovor, který se uskutečnil s architekty Ricardem Scofi diem a Matthew Johnsonem 2. listopadu 2015 v newyorském studiu Diller Scofi dio + Renfro se sídlem v budově Starrett–Lehigh (v západní části Chelsea na 26. ulici). Rozhovor s autory architektonického řešení parku High Line, architekty Ricardem Scofi diem a Matthew Johnsonem, uzavírá sérii tří interview s tvůrci a plánovači veřejných prostorů a parků v New Yorku.
Item
POČÍTAČOVÉ MODELOVÁNÍ TEPELNĚ AKTIVOVANÝCH KONSTRUKCÍ
(Nakladateľstvo STU, 2011-10-20) Šikula, Ondřej
Příspěvek se zabývá popisem metod počítačového navrhování tepelně aktivní konstrukce. Je zde je uvedena a diskutována velká skupina zjednodušených matematických a fyzikálních modelů . Na závěr je uvedno několik doporučení pro praxi.
Item
SOUHRNNÁ VÝZKUMNÁ ZPRÁVA - Stanovení obvyklé ceny u finančních transakcí náhledem principu tržního odstupu (TL05000328)
(2023-12-28) Brychta, Karel; Solilová, Veronika; Ištok, Michal; Moravec, Lukáš; Režňáková, Mária; Karas, Michal; Homola, David
Tato souhrnná výzkumná zpráva prezentuje souhrn základních informací o projektu a jeho výstupech a dále pak prezentuje základní rámec pro ocenění vybraných finančních transakcí náhledem tržního odstupu. Tento materiál je komplementárním materiálem k ostatním realizovaným výstupům. Souhrnná výzkumná zpráva je členěna do následujících částí. První část uvádí základní informace o projektu, odkazy na webové stránky s informacemi o projektu, informaci o participujících subjektech, o složení řešitelského týmu a souhrnem výstupů řešení projektu a odkazy na ně. Další část obsahuje úvod (východiska) do řešeného problému. Následující text souhrnné výzkumné zprávy je členěn do pěti základních částí. Část textu A popisuje vymezení řešených výzkumných úkolů a roli jednotlivých členů řešitelského týmu, část B specifikuje základní standardy OECD pro převodní ceny, část C se zabývá vybranými finančními transakcemi (C.1 Finanční záruky, C.2 Cash-pooling), část D je věnována problematice tzv. bezpečného přístavu pro úvěry v podmínkách ČR a část E, která shrnuje výsledky, přínosy a limity dosažených řešení.