Show simple item record

Detection of chimeras in amplicon sequencing

dc.contributor.advisorSedlář, Karelcs
dc.contributor.authorHeřmánková, Kristýnacs
dc.date.accessioned2021-06-18T06:54:25Z
dc.date.available2021-06-18T06:54:25Z
dc.date.created2021cs
dc.identifier.citationHEŘMÁNKOVÁ, K. Detekce a filtrace chimér v amplikonové sekvenaci [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2021.cs
dc.identifier.other134368cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/198490
dc.description.abstractChimérické sekvence jsou častým artefaktem vyskytujícím se v sekvenačních datech po amplifikaci vzorků polymerázovou řetězovou reakcí. Výskyt těchto artefaktů může výrazně znehodnotit výsledky prováděné analýzy. Proto je detekce a následná filtrace chimérických sekvencí nezbytným krokem ve výpočetním zpracování sekvenačních dat. Součástí této práce je vysvětlení mechanismu vzniku těchto artefaktů a také možnosti omezení jejich výskytu. Cílem této práce je realizace algoritmu pro detekci a filtraci chimér v jazyce R a následné testování úspěšnosti algoritmu na vlastních datech poskytnutých Výzkumným ústavem veterinárního lekařství v Brně.cs
dc.description.abstractChimeric sequences are the most common artifacts that can occur in sequencing data after the sample amplification using the polymerase chain reaction. The presence of these artifacts can negatively affect results of the analysis. Therefore, the detection and subsequent filtration of chimeric sequences is an important step in the computational processing of sequencing data. This work deals with the principle of chimera formation and the possibility of reducing their occurrence. The aim of this work is to implement an algorithm for chimeras detection in R language and testing its accuracy on data provided by the Veterinary Research Institute in Brno.en
dc.language.isocscs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectOperační taxonomická jednotkacs
dc.subjectmetagenomikacs
dc.subjectpolymerázová řetězová reakcecs
dc.subjectnext-generation sekvenovánícs
dc.subjectOperational taxonomic uniten
dc.subjectmetagenomicsen
dc.subjectpolymerase chain reactionen
dc.subjectnext-generation sequencingen
dc.titleDetekce a filtrace chimér v amplikonové sekvenacics
dc.title.alternativeDetection of chimeras in amplicon sequencingen
dc.typeTextcs
dcterms.dateAccepted2021-06-17cs
dcterms.modified2021-06-18-09:00:34cs
thesis.disciplinebez specializacecs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrstvícs
thesis.levelBakalářskýcs
thesis.nameBc.cs
sync.item.dbid134368en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2021.11.12 17:59:18en
sync.item.modts2021.11.12 17:36:32en
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.contributor.refereeJurečková, Kateřinacs
dc.description.markAcs
dc.type.driverbachelorThesisen
dc.type.evskpbakalářská prácecs
but.committeedoc. Ing. Jiří Hozman, Ph.D. (předseda) prof. Ing. Ivo Provazník, Ph.D. (místopředseda) Ing. Lukáš Smital, Ph.D. (člen) Ing. Kateřina Jurečková (člen) MUDr. Jaromír Gumulec, Ph.D. (člen)cs
but.defenceStudentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Doc. Hozman položil otázku, proč maté nestandardní obsah práce? Ing. Smital položil otázku, co se děje se vzorky po detekci chimér? Jaký je procentuální výskyt chimér v datovém souboru? Studentka obhájila bakalářskou práci a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.cs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
but.programBiomedicínská technika a bioinformatikacs
but.jazykčeština (Czech)


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record