Webový server pro predikci 3D struktury proteinu
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
C
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract
Tato práce se zabývá proteiny, především jejich strukturou a způsoby predikce terciární, neboli 3D, struktury. Predikce terciární struktury je důležitá pro zjištění funkce těchto životně důležitých látek. Využití metod bioinformatiky velice zefektivňuje a zrychluje predikci, protože klasické metody přímého zjišťování struktury z molekuly jsou drahé a pomalé. Na druhou stranu jsou zatím mnohem přesnější. Cílem práce je přiblížit metody používané pro predikci terciární struktury, popsat nástroje, které se používají a možnosti automatické komunikace s nimi. Dále je cílem popsat implementaci serveru, který bude sloužit proteinovým inženýrům pro efektivnější zjišťování informací o terciární struktuře z více nástrojů, aniž by museli zadávat požadavek na každý zvlášť. Také zde budou popsány výsledky testování.
This work deals with proteins, especially with their structure and kinds of tertiary, or 3D, structure prediction. Tertiary structure prediction is very important for function prediction of this vitally important substance. Bioinformatics do this prediction much more effective and faster, because classical methods of structure prediction directly from molecule are very expensive and slow. On the other hand they are much more exact. Objective of this thesis is to describe tertiary structure prediction methods, describe used tools and possibility of automatic communication with them. Next objective is describe implementation of server, that will serve to protein engineers for more effective finding of information about tertiary structure from more servers without requesting each of them separately. Results of testing will be described in this work too.
This work deals with proteins, especially with their structure and kinds of tertiary, or 3D, structure prediction. Tertiary structure prediction is very important for function prediction of this vitally important substance. Bioinformatics do this prediction much more effective and faster, because classical methods of structure prediction directly from molecule are very expensive and slow. On the other hand they are much more exact. Objective of this thesis is to describe tertiary structure prediction methods, describe used tools and possibility of automatic communication with them. Next objective is describe implementation of server, that will serve to protein engineers for more effective finding of information about tertiary structure from more servers without requesting each of them separately. Results of testing will be described in this work too.
Description
Keywords
3D struktura, terciární struktura, predikce, homologní modelování, threading, ab initio, de novo, Swiss model, CPH-models, ESyPred3D, Geno3D, AS2TS, 3D-Jigsaw, Phyre2, Fugue, HHPred, LOOPP, SAM-T08, PSI-PRED, I-TASSER, RaptorX, Robetta, iPBA, Superfammily, JSP, JAVA, 3D structure, tertiary structure, prediction, homology modeling, threading, ab initio, de novo, Swiss model, CPH-models, ESyPred3D, Geno3D, AS2TS, 3D-Jigsaw, Phyre2, Fugue, HHPred, LOOPP, SAM-T08, PSI-PRED, I-TASSER, RaptorX, Robetta, iPBA, Superfammily, JSP, JAVA
Citation
VOTROUBEK, L. Webový server pro predikci 3D struktury proteinu [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2013.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Bioinformatika a biocomputing
Comittee
prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda)
prof. RNDr. Milan Češka, CSc. (místopředseda)
Ing. Vladimír Bartík, Ph.D. (člen)
prof. RNDr. Mojmír Křetínský, CSc. (člen)
Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen)
doc. Ing. František Zbořil, CSc. (člen)
Date of acceptance
2013-06-20
Defence
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se pak seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm C. Otázky u obhajoby: V práci uvádíte, že při testování serveru jste dosáhl přesnosti výsledků kolem osmdesáti bodů ze sta. Jak jste tuto přesnost počítal?
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení