Implementace algoritmu pro hledání podobností DNA řetězců v FPGA
Loading...
Date
Authors
ORCID
Advisor
Referee
Mark
B
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract
Tato práce popisuje způsoby porovnání nukleotidových řetězců s využitím párového a vícenásobného porovnání. V práci jsou popsány algoritmy párového porovnávání pro hledání nad daty v databázích a nebo algoritmy využívající dynamické programování. Dále jsou popsány způsoby vícenásobného porovnání. Mezi základními algoritmy je uvedeno dynamickým programováním a nebo algoritmy, které s využitím určité míry nepřesnosti postupně sestavují porovnání. Teoretickou část práce uzavírá popis technologie FPGA. Další část práce, praktická část, je věnována implementaci jednoho z vícenásobných algoritmů. Závěrečná část shrnuje vlastnosti vybraného algoritmu.
This paper describes sequence alignment algorithms of nucleotide sequences. There are described pairwise alignment algorithms using database search or dynamic programming. Then in the paper is description of dynamic programming for multiple sequences and algorithm that builds phylogenetic trees. At the end of the first part of the paper is the description of technology FPGA. In the second part that is more practical is described implemntation of the choosen one algorithm. This part includes also examples of some multiple alignments.
This paper describes sequence alignment algorithms of nucleotide sequences. There are described pairwise alignment algorithms using database search or dynamic programming. Then in the paper is description of dynamic programming for multiple sequences and algorithm that builds phylogenetic trees. At the end of the first part of the paper is the description of technology FPGA. In the second part that is more practical is described implemntation of the choosen one algorithm. This part includes also examples of some multiple alignments.
Description
Keywords
DNA, párové porovnání, prohledávání databází, BLAST, FASTA, dynamické programování, Needleman-Wunsch, Smith-Waterman, vícenásobné porovnání, CLUSTAL, fylogenetické stromy, FPGA., DNA, pairwise alignment, database search, BLAST, FASTA, Needleman-Wunsch, Smith-Waterman, multiple alignment, dynamic programming, CLUSTAL, phylogenetic tree, FPGA.
Citation
PAŘENICA, M. Implementace algoritmu pro hledání podobností DNA řetězců v FPGA [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2007.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Počítačové systémy a sítě
Comittee
Date of acceptance
2007-06-19
Defence
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení