but.committee	prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda) doc. Ing. František Zbořil, Ph.D. (místopředseda) Ing. Ivana Burgetová, Ph.D. (člen) doc. RNDr. Milan Češka, Ph.D. (člen) Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen) doc. Ing. Radomil Matoušek, Ph.D. (člen)	cs
but.defence	Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm " D ". Otázky u obhajoby: Repetitivní sekvence jsou obvykle velmi variabilní. Jaký typ výstupu by byl vhodný pro nástroj, který tyto sekvence hledá? V kapitole 4.4.4 uvádíte, že přístupy založené na DBG jsou v praxi preferovány. Proč si to myslíte?	cs
but.jazyk	čeština (Czech)
but.program	Informační technologie	cs
but.result	práce byla úspěšně obhájena	cs
dc.contributor.advisor	Puterová, Janka	cs
dc.contributor.author	Hypský, Jan	cs
dc.contributor.referee	Martínek, Tomáš	cs
dc.date.accessioned	2018-10-21T17:05:38Z
dc.date.available	2018-10-21T17:05:38Z
dc.date.created	2018	cs
dc.description.abstract	Eukaryotické genomy obsahují velké množství repetitivních struktur. Jejich detekce a sestavení patří dnes k hlavním výzvám bioinformatiky. Tato práce obsahuje hlavní klasifikaci repetitivní DNA a představuje implementaci nového de novo assembleru, zaměřeného na hledání a sestavení LTR retrotranspozonů a satelitní DNA. Assembler přijímá na svém vstupu krátké ready (single nebo pair-end), získané sekvenátory druhé generace (NGS). Tento assembler je založen na přístupu Overlap Layout Consensus.	cs
dc.description.abstract	Eukaryotic genomes contain a large number of repetitive structures. Their detection and assembly today are the main challenges of bioinformatics. This work includes a classification of repetitive DNA and represents an implementation of a novel de novo assembler focusing on searching and constructing LTR retrotransposons and satellite DNA. Assembler accepts on his input short reads (single or pair-end), obtained from next-generation sequencing machines (NGS). This assembler is based on Overlap Layout Consensus approach.	en
dc.description.mark	D	cs
dc.identifier.citation	HYPSKÝ, J. Rekonstrukce repetitivních elementů DNA [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2018.	cs
dc.identifier.other	114935	cs
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11012/84923
dc.language.iso	cs	cs
dc.publisher	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií	cs
dc.rights	Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení	cs
dc.subject	repetitivní DNA	cs
dc.subject	sestavení repetic	cs
dc.subject	de novo assembler	cs
dc.subject	LTR retrotranspozony	cs
dc.subject	satelitní DNA	cs
dc.subject	krátké ready	cs
dc.subject	Overlap Layout Consensus	cs
dc.subject	repetitive DNA	en
dc.subject	repeats assembly	en
dc.subject	de novo assembler	en
dc.subject	LTR retrotransposons	en
dc.subject	satellite DNA	en
dc.subject	short reads	en
dc.subject	Overlap Layout Consensus	en
dc.title	Rekonstrukce repetitivních elementů DNA	cs
dc.title.alternative	Reconstruction of Repetitive Elements in DNA	en
dc.type	Text	cs
dc.type.driver	masterThesis	en
dc.type.evskp	diplomová práce	cs
dcterms.dateAccepted	2018-06-19	cs
dcterms.modified	2020-05-10-16:13:31	cs
eprints.affiliatedInstitution.faculty	Fakulta informačních technologií	cs
sync.item.dbid	114935	en
sync.item.dbtype	ZP	en
sync.item.insts	2021.11.22 22:23:04	en
sync.item.modts	2021.11.22 21:35:51	en
thesis.discipline	Bioinformatika a biocomputing	cs
thesis.grantor	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. Ústav informačních systémů	cs
thesis.level	Inženýrský	cs
thesis.name	Ing.	cs

Rekonstrukce repetitivních elementů DNA

Files

Original bundle

Collections