Automatická genotypizace bakterií metodou rep-PCR
| but.committee | doc. Ing. Daniel Schwarz, Ph.D. (předseda) Ing. Vratislav Harabiš, Ph.D. (místopředseda) Ing. Jan Odstrčilík, Ph.D. (člen) RNDr. Jan Balvan, Ph.D. (člen) doc. RNDr. Jaromír Baštinec, CSc. (člen) Ing. Helena Škutková, Ph.D. (člen) | cs |
| but.defence | Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky Ing. Schwarz se zeptal na původ testovaných dat Doc. Baštinec upozornil na nepřesnost v popisu hodnot u kontingenčních tabulek RNDr. Balvan se zeptal na typ pacientů, u kterých je tento typ testování klíčový Studentka obhájila diplomovou práci a odpověděla na otázky členů komise a oponenta. | cs |
| but.jazyk | čeština (Czech) | |
| but.program | Biomedicínské inženýrství a bioinformatika | cs |
| but.result | práce byla úspěšně obhájena | cs |
| dc.contributor.advisor | Škutková, Helena | cs |
| dc.contributor.author | Pelikánová, Veronika | cs |
| dc.contributor.referee | Maděránková, Denisa | cs |
| dc.date.accessioned | 2018-10-21T17:04:14Z | |
| dc.date.available | 2018-10-21T17:04:14Z | |
| dc.date.created | 2018 | cs |
| dc.description.abstract | Diplomová práce se zabývá automatickou genotypizací bakterií metodou rep-PCR. V teoretické části jsou představeny různé metody typizace DNA, základní informace o elektroforéze a uvedeny moderní elektroforetické přístupy i s jejich problémy, zavádějící zkreslení dat. Za účelem automatické typizace je navržen program pro fylogenetickou klasifikaci vzorků dat z rep-PCR vhodný i obecně pro data z čipové kapilární elektroforézy. Program se skládá ze tří základních částí: digitalizace, úpravy pozic bandů a samotné fylogenetické klasifikace. Výsledkem programu je dendrogram znázorňující podobnost vzorků. K sestavenému programu je vytvořeno uživatelské rozhraní pro možné zavedení do praxe v Dětské nemocnici, na jejichž popud byl program sestavován. Na závěr je vyhodnocena úspěšnost programu na standardizovaných a reálných datech poskytnutých z Dětské nemocnice. | cs |
| dc.description.abstract | This thesis deals with automatic bacteria genotyping by rep-PCR method. Its theoretical part presents various methods of DNA typing, basic information on electrophoresis and modern electrophoretic approaches, including their problems, misleading data distortion. In order to automate typing, there has been introduced a program for phylogenetic sample classification from rep-PCR, also applicable for data from chip capillary electrophoresis. The program consists of three main parts: digitization, bandmatching and clustering apparatus to bacterial type classification. The result of the algorithm is a phylogenetic tree, which indicates the cluster of sapmles according to bacterial type. The program has a graphical user interface for possible use in the Children's Hospital. Finally, the program is tested with data from the Children´s Hospital. | en |
| dc.description.mark | A | cs |
| dc.identifier.citation | PELIKÁNOVÁ, V. Automatická genotypizace bakterií metodou rep-PCR [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2018. | cs |
| dc.identifier.other | 110558 | cs |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/11012/81928 | |
| dc.language.iso | cs | cs |
| dc.publisher | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií | cs |
| dc.rights | Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení | cs |
| dc.subject | genotypizace | cs |
| dc.subject | rep-PCR | cs |
| dc.subject | čipová kapilární elektroforéza | cs |
| dc.subject | genotyping | en |
| dc.subject | rep-PCR | en |
| dc.subject | chip capillary electrophoresis | en |
| dc.title | Automatická genotypizace bakterií metodou rep-PCR | cs |
| dc.title.alternative | Automatic genotyping of bacteria by rep-PCR | en |
| dc.type | Text | cs |
| dc.type.driver | masterThesis | en |
| dc.type.evskp | diplomová práce | cs |
| dcterms.dateAccepted | 2018-06-13 | cs |
| dcterms.modified | 2018-06-14-07:30:25 | cs |
| eprints.affiliatedInstitution.faculty | Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií | cs |
| sync.item.dbid | 110558 | en |
| sync.item.dbtype | ZP | en |
| sync.item.insts | 2021.11.10 11:58:08 | en |
| sync.item.modts | 2021.11.10 10:57:17 | en |
| thesis.discipline | Biomedicínské inženýrství a bioinformatika | cs |
| thesis.grantor | Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrství | cs |
| thesis.level | Inženýrský | cs |
| thesis.name | Ing. | cs |
Files
Original bundle
1 - 3 of 3
Loading...
- Name:
- final-thesis.pdf
- Size:
- 4.76 MB
- Format:
- Adobe Portable Document Format
- Description:
- final-thesis.pdf
Loading...
- Name:
- review_110558.html
- Size:
- 5.12 KB
- Format:
- Hypertext Markup Language
- Description:
- review_110558.html