Software pro extrakci genomických dat z GenBank formátu

Simple item page
but.committeedoc. Ing. Radim Kolář, Ph.D. (předseda) MUDr. Marie Nováková, Ph.D. (místopředseda) Ing. Denisa Maděránková, Ph.D. (člen) Ing. Oto Janoušek, Ph.D. (člen) Mgr. Daniel Vlk, CSc. (člen) MUDr. Kateřina Fialová, Ph.D. (člen)cs
but.defenceStudentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Studentka obhájila bakalářskou práci a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.cs
but.jazykčeština (Czech)
but.programBiomedicínská technika a bioinformatikacs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
dc.contributor.advisorMaděránková, Denisacs
dc.contributor.authorJurečková, Kateřinacs
dc.contributor.refereeŠkutková, Helenacs
dc.date.accessioned2019-05-17T14:24:43Z
dc.date.available2019-05-17T14:24:43Z
dc.date.created2015cs
dc.description.abstractTato bakalářská práce obsahuje literární rešerši na témata databáze GenBank, její nejpoužívanější datový formát gbk a jeho srovnání s dalšími používanými formáty sekvenčních dat. Dále práce popisuje strukturu mitochondriální DNA živočichů a rostlin, u rostlin blíže popisuje i DNA plastidovou. V praktické části se práce zaměřuje na vyhodnocení úspěšnosti automatické extrakce dat z gbk formátu pro celé mitochondriální sekvence pomocí funkce genbankread z Matlabu. A popisuje nově vytvořenou aplikaci na extrakci dat z GenBank souborů. V závěru je tato aplikace využita při analýze mitochondriálních genomů.cs
dc.description.abstractThis bachelor thesis contains a literature review on the topic of the GenBank database, its most used flat file format gbk and its comparison with other formats of sequential data. Furthermore this thesis describes the structure of mitochondrial DNA of animals and plants and plastid DNA of plants. In the practical part of this thesis is evaluation of successful automatic data extraction from GenBank flat file format from whole mitochondrial sequences by genbankread function in Matlab. And it describes also a new application for GenBank data extraction. In the end this application is used in analyses of mitochondrial genomes.en
dc.description.markBcs
dc.identifier.citationJUREČKOVÁ, K. Software pro extrakci genomických dat z GenBank formátu [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2015.cs
dc.identifier.other84354cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/40737
dc.language.isocscs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectDatabáze GenBankcs
dc.subjectmitochondriální DNAcs
dc.subjectgenbankreadcs
dc.subjectrodová a mezidruhová variabilitacs
dc.subjectGenBank databaseen
dc.subjectmitochondrial DNAen
dc.subjectgenbankreaden
dc.subjectgenus and interspecific variabilityen
dc.titleSoftware pro extrakci genomických dat z GenBank formátucs
dc.title.alternativeUser interface for data extraction from GenBank data formaten
dc.typeTextcs
dc.type.driverbachelorThesisen
dc.type.evskpbakalářská prácecs
dcterms.dateAccepted2015-06-17cs
dcterms.modified2015-06-18-15:25:34cs
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
sync.item.dbid84354en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2021.11.12 12:58:43en
sync.item.modts2021.11.12 11:56:30en
thesis.disciplineBiomedicínská technika a bioinformatikacs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrstvícs
thesis.levelBakalářskýcs
thesis.nameBc.cs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 3 of 3
Thumbnail Image
Name:
final-thesis.pdf
Size:
2.11 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
final-thesis.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
appendix-1.zip
Size:
4.87 MB
Format:
zip
Description:
appendix-1.zip
Download
Thumbnail Image
Name:
review_84354.html
Size:
4.28 KB
Format:
Hypertext Markup Language
Description:
review_84354.html
Download
Collections
2015