Detekce buněk ve snímcích zachycených pomocí mikroskopie

Simple item page
but.committeeprof. Ing. Vladimír Vašek, CSc. (předseda) doc. Ing. Radomil Matoušek, Ph.D. (místopředseda) doc. Ing. Ivan Švarc, CSc. (člen) doc. Ing. Jiří Jaroš, Ph.D. (člen) doc. Ing. Zdeněk Němec, CSc. (člen)cs
but.defenceStudent obeznámil komisi s cíli a výsledky své DP. Následně zodpověděl otázky oponenta a komise. doc. Jaroš: Parametry pro trénování, Testování (počet snímků), COCO data set doc. Matoušek: Dostatečnost výsledků a posuzování. Byl problém získat větší dataset? prof. Vašek: Spolehlivost výsledkůcs
but.jazykčeština (Czech)
but.programAplikovaná informatika a řízenícs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
dc.contributor.advisorŠkrabánek, Pavelcs
dc.contributor.authorHubálek, Michalcs
dc.contributor.refereeŠtursa, Dominikcs
dc.date.accessioned2022-06-15T06:55:12Z
dc.date.available2022-06-15T06:55:12Z
dc.date.created2022cs
dc.description.abstractCílem diplomové práce bylo vytvořit aplikaci automaticky detekující zdravé buňky kardiomyocytů ze snímků zachycených konfokálním mikroskopem. Práce vznikla na základě konkrétních potřeb výzkumníků ze Slovenské akademie věd, kterým usnadní práci a ušetří čas, protože doposud musejí snímky vyhodnocovat a hledat vhodné buňky ručně. Pro detekci je použita konvoluční neuronová síť RetinaNet, která byla implementována do uživatelsky přívětivé desktopové aplikace. Aplikace také automaticky zaznamenává a ukládá souřadnice detekovaných buněk využitelné pro snímání buněk ve vyšší obrazové kvalitě. Další výhodou vytvořené aplikace je univerzálnost, která umožňuje natrénovat detekci i na jiných datech, čímž je použitelná i na dalších detekčních projektech. Výsledkem práce je funkční, samostatně spustitelná a intuitivní aplikace, která je připravena k použití výzkumníky.cs
dc.description.abstractThe goal of the thesis was to create an application that automatically detects healthy cardiomyocytes from images captured by a confocal microscope. The thesis was created based on the specific needs of researchers from the Slovak Academy of Sciences.The application will facilitate and increase the efficiency of their research,because until now they have to evaluate the images and search for suitable cells manually. The RetinaNet convolutional neural network is used for detection and has been implemented in a user-friendly desktop application. The application also automatically records and stores coordinates of detected cells which can be used for capturing cells in higher image quality. Another advantage of the developed application is its versatility, which allows to train detection on other data, making it applicable to other projects. The result of this work is a functional, standalone and intuitive application that is ready to be used by researchers.en
dc.description.markAcs
dc.identifier.citationHUBÁLEK, M. Detekce buněk ve snímcích zachycených pomocí mikroskopie [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta strojního inženýrství. 2022.cs
dc.identifier.other136985cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/205387
dc.language.isocscs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta strojního inženýrstvícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjectHluboké učenícs
dc.subjectkonvoluční neuronové sítěcs
dc.subjectdetekce objektůcs
dc.subjectdetekce buněkcs
dc.subjectkonfokální mikroskopiecs
dc.subjectkardiomyocytycs
dc.subjectRetinaNetcs
dc.subjectDeep learningen
dc.subjectconvolutional neural networksen
dc.subjectobject detectionen
dc.subjectcell detectionen
dc.subjectconfocal microscopyen
dc.subjectcardiomyocytesen
dc.subjectRetinaNeten
dc.titleDetekce buněk ve snímcích zachycených pomocí mikroskopiecs
dc.title.alternativeDetection of cells in confocal microscopy imagesen
dc.typeTextcs
dc.type.drivermasterThesisen
dc.type.evskpdiplomová prácecs
dcterms.dateAccepted2022-06-13cs
dcterms.modified2022-06-14-09:48:36cs
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta strojního inženýrstvícs
sync.item.dbid136985en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2022.06.15 08:55:12en
sync.item.modts2022.06.15 08:16:29en
thesis.disciplinebez specializacecs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta strojního inženýrství. Ústav automatizace a informatikycs
thesis.levelInženýrskýcs
thesis.nameIng.cs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 3 of 3
Thumbnail Image
Name:
final-thesis.pdf
Size:
4.01 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
final-thesis.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
appendix-1.zip
Size:
4.28 MB
Format:
zip
Description:
appendix-1.zip
Download
Thumbnail Image
Name:
review_136985.html
Size:
9.49 KB
Format:
Hypertext Markup Language
Description:
review_136985.html
Download
Collections
2022