but.committee	prof. Ing. Jiří Jan, CSc. (předseda) prof. Ewaryst Tkacz, Ph.D.,D.Sc. (místopředseda) doc. Mgr. Ctirad Hofr, Ph.D. (člen) Mgr. Helena Durnová, Ph.D. (člen) Ing. Oto Janoušek, Ph.D. (člen) Ing. Denisa Maděránková, Ph.D. (člen)	cs
but.defence	Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Ing. Maděránková položila otázku: Jednalo se o protein kódující geny a geny ležící na chromozomu? Jednalo se kompletní reads? Jednalo se o geny nebo RNA transkripty? Jak určím průměrnou expresi? Jak se určuje p-hodnota a co vyjadřuje a jaký má biologický význam? Studentka obhájila diplomovou práci s výhradami a odpověděla na otázky členů komise a oponenta. 89 b.	cs
but.jazyk	angličtina (English)
but.program	Biomedicínské inženýrství a bioinformatika	cs
but.result	práce byla úspěšně obhájena	cs
dc.contributor.advisor	Abo Khayal, Layal	en
dc.contributor.author	Janáková, Tereza	en
dc.contributor.referee	Tkacz, Ewaryst	en
dc.date.accessioned	2019-04-03T22:09:43Z
dc.date.available	2019-04-03T22:09:43Z
dc.date.created	2014	cs
dc.description.abstract	Hlavním cílem této diplomové práce je analýza diferenciální exprese genů na základě negativního binomického modelu. Úvodní část je věnována teoretickému základu, pojednává o sekvenování RNA, sekvenování nové generace, výhodách a možném využití, formátu fastQ aj. Následující část už se zabývá samotnou praktickou částí, zde byl vybrán vhodný set genů, které budou později analyzovány a příslušná data byla stažena. Tato data byla zarovnána k lidskému genomu verze 37 Burrowsovou-Wheelerovou transformací s využitím bowtie mapovače, byly tak vytvořeny soubory ve formátu SAM. Toto soubory dat byly později setříděny pomocí nástroje SAMtools. Následně byly v programovém prostředí Matlab (verze R2013b) vytvořeny anotované objekty genů s využitím služby Ensembl´s BioMart. Dále byla určena genová exprese a byly odhadnuty faktory velikosti knihovny. Na závěr byly odhadnuty parametry negativního binomického rozložení a byla vyhodnocena diferenciální exprese genů.	en
dc.description.abstract	The main goal of this master thesis is to carry out the analysis of differential gene expression using a negative binomial model. The first part is devoted to theoretical basis, discusses the RNA sequencing, Next-Generation Sequencing (NGS), the benefits and applications, and FASTAQ format. The second part is the practical part, there was chosen a suitable data set of genes, that will be later analyzed, and the relevant data was downloaded. This data was aligned to the human genome version 37 by Burrows-Wheeler transform and the SAM formatted files were created using the Bowtie mapper. The SAM formatted files were sorted by SAMtools. In the following part of this work was created an annotation object of target genes using Ensembl´s BioMart service and Matlab (version R2013b). Next, digital gene expression was determined and library size factor was estimated. In the end the negative binomial distribution parameters were estimated and data was tested for a differential gene expression.	cs
dc.description.mark	B	cs
dc.identifier.citation	JANÁKOVÁ, T. Diferenciální exprese genů na zakladě negativního binomického modelu [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2014.	cs
dc.identifier.other	73049	cs
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11012/31553
dc.language.iso	en	cs
dc.publisher	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií	cs
dc.rights	Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení	cs
dc.subject	RNA-sekvenování	en
dc.subject	sekvenování nové generace	en
dc.subject	diferenciální genová exprese	en
dc.subject	rakovina prostaty	en
dc.subject	RNA-sequencing	cs
dc.subject	Next Generation Sequencing	cs
dc.subject	Differential gene expression	cs
dc.subject	Prostate Cancer	cs
dc.title	Diferenciální exprese genů na zakladě negativního binomického modelu	en
dc.title.alternative	Differential Gene expression using a negative binomial model	cs
dc.type	Text	cs
dc.type.driver	masterThesis	en
dc.type.evskp	diplomová práce	cs
dcterms.dateAccepted	2014-06-11	cs
dcterms.modified	2014-06-13-12:06:27	cs
eprints.affiliatedInstitution.faculty	Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií	cs
sync.item.dbid	73049	en
sync.item.dbtype	ZP	en
sync.item.insts	2021.11.22 23:08:32	en
sync.item.modts	2021.11.22 22:15:59	en
thesis.discipline	Biomedicínské inženýrství a bioinformatika	cs
thesis.grantor	Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrství	cs
thesis.level	Inženýrský	cs
thesis.name	Ing.	cs

Diferenciální exprese genů na zakladě negativního binomického modelu

Files

Original bundle

Collections