Analýza dat ze sekvenování příští generace ke studiu aktivity transposonů v nádorových buňkách

Simple item page
but.committeeprof. Ing. Ivo Provazník, Ph.D. (předseda) doc. Ing. Jiří Rozman, CSc. (místopředseda) Ing. Martin Vítek, Ph.D. (člen) RNDr. Petr Fuchs, Ph.D. (člen) prof. Pharm.Dr. Petr Babula, Ph.D. (člen)cs
but.defenceStudentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Prof. Ing. Ivo Provazník, Ph.D. položil otázku: Jakou metodu zarovnání jste použila? Studentka obhájila diplomovou práci a odpověděla na otázky komise a oponenta.cs
but.jazykčeština (Czech)
but.programBiomedicínské inženýrství a bioinformatikacs
but.resultpráce byla úspěšně obhájenacs
dc.contributor.advisorEduard, Kejnovskýcs
dc.contributor.authorHrazdilová, Ivanacs
dc.contributor.refereeČegan,, Radimcs
dc.date.accessioned2018-10-21T20:44:48Z
dc.date.available2018-10-21T20:44:48Z
dc.date.created2013cs
dc.description.abstractTeoretická část diplomové práce poskytuje stručnou charakteristiku lidských mobilních genetických elementů (transposonů), které tvoří přibližně 50% lidského genomu a jsou schopny “skákat” z místa na místo. Jsou zde popsány základní rozdělení a typy transposonů přítomné v lidském genomu, mechanismy jejich šíření, aktivace a umlčování. Práce se také věnuje tzv. domestikaci transposonů, popisuje způsoby jakými TE přispívají k poškození DNA a shrnuje nemoci způsobené mutagenní aktivitou transposonů v lidském genomu. Závěr teoretické části je věnován technologiím sekvenace příští generace (NGS). V praktické části byla analyzována data z RNA-seq experimentu, pomocí kterých byla srovnána aktivita transposonů v normálních a rakovinných buňkách prostaty a tlustého střeva. K analýze byly použity jak veřejně dostupné sofistikované nástroje (TopHat), tak vlastní skripty. Výsledky dokazují, že u rakovinných buněk dochází ke zvýšené expresi transposonů, což koresponduje s publikovanými výsledky a naznačuje souvislost aktivity transposonů se vznikem rakoviny.cs
dc.description.abstractTheoretical part of this diploma thesis gives a brief characteristic of human mobile elements (transposons), which represents nearly 50% of human genome. It provides basic transposon clasification and describes types of transposons present in hunam genome, as well as mobilization, activation and regulation mechanisms. The work also deals with the domestication of transposons, describes the ways in which TE contribute to DNA damage and summarizes the diseases caused by mutagenic activity of transposons in the human genome. Conclusion of theoretical part describes next-generation sequencing technologies (NGS). As practical part, data from RNA-seq experimet were analyzed in order to compare differen transposon activity in normal and cancer cells from prostate and colorectal tissues. As like as publicly available sophisticated tools (TopHat), new scripts were created to analyze these data. The results show that cancer cells exhibit overexpression of transposons. This corresponds with the published results and suggests a connection of transposon activation with cancer development.en
dc.description.markAcs
dc.identifier.citationHRAZDILOVÁ, I. Analýza dat ze sekvenování příští generace ke studiu aktivity transposonů v nádorových buňkách [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2013.cs
dc.identifier.other65473cs
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11012/26155
dc.language.isocscs
dc.publisherVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
dc.rightsStandardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezenícs
dc.subjecttransposonycs
dc.subjectmobilní genetické elementycs
dc.subjectLINEcs
dc.subjectL1cs
dc.subjectSINEcs
dc.subjectAlucs
dc.subjectsekvenace nové generacecs
dc.subjectNGScs
dc.subjectmasivní paralelní sekvenovánícs
dc.subjectRNA-seqcs
dc.subjectrakovinacs
dc.subjectsingle-endcs
dc.subjectpaired-endcs
dc.subjectTopHatcs
dc.subjectBowtiecs
dc.subjecttransposonsen
dc.subjectmobile genetic elementsen
dc.subjectLINEen
dc.subjectL1en
dc.subjectSINEen
dc.subjectAluen
dc.subjectnext generation sequencingen
dc.subjectNGSen
dc.subjectmassively paralell signature sequencingen
dc.subjectRNA-seqen
dc.subjectcanceren
dc.subjectsingle-enden
dc.subjectpaired-enden
dc.subjectTopHaten
dc.subjectBowtieen
dc.titleAnalýza dat ze sekvenování příští generace ke studiu aktivity transposonů v nádorových buňkáchcs
dc.title.alternativeAnalysis of NGS data for study of transposon activity in cancer cellsen
dc.typeTextcs
dc.type.drivermasterThesisen
dc.type.evskpdiplomová prácecs
dcterms.dateAccepted2013-06-13cs
dcterms.modified2013-06-14-10:16:24cs
eprints.affiliatedInstitution.facultyFakulta elektrotechniky a komunikačních technologiícs
sync.item.dbid65473en
sync.item.dbtypeZPen
sync.item.insts2021.11.22 22:19:47en
sync.item.modts2021.11.22 21:32:34en
thesis.disciplineBiomedicínské inženýrství a bioinformatikacs
thesis.grantorVysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. Ústav biomedicínského inženýrstvícs
thesis.levelInženýrskýcs
thesis.nameIng.cs
Files
Original bundle
Now showing 1 - 3 of 3
Thumbnail Image
Name:
final-thesis.pdf
Size:
7.81 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
final-thesis.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
Posudek-Oponent prace-Hrazdilova_oponent.pdf
Size:
267.38 KB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
Posudek-Oponent prace-Hrazdilova_oponent.pdf
Download
Thumbnail Image
Name:
review_65473.html
Size:
3.4 KB
Format:
Hypertext Markup Language
Description:
review_65473.html
Download
Collections
2013